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Publications de l'équipe GEM
Accès publications HAL
Article dans une revue
The UbiK protein is an accessory factor necessary for bacterial ubiquinone (UQ) biosynthesis and forms a complex with the UQ biogenesis factor UbiJ
Laurent Loiseau, Cameron Fyfe, Laurent Aussel, Mahmoud Hajj Chehade, Sara B. Hernández, Bruno Faivre, Djemel Hamdane, Caroline Mellot-Draznieks, Bérengère Rascalou, Ludovic Pelosi, Christophe Velours, David Cornu, Murielle Lombard, Josep Casadesús, Fabien Pierrel, Marc Fontecave, Frédéric Barras
Journal of Biological Chemistry, 2017, 292 (28), pp.11937 - 11950. ⟨10.1074/jbc.M117.789164⟩. ⟨hal-01615493⟩
Article dans une revue
Isee-resistance : using in silico experimental evolution to sensitize providers on antibiotic resistance
Guillaume Beslon, Dominique Schneider
Antimicrobial Resistance and Infection Control, 2017, Abstracts from the 4th International Conference on Prevention & Infection Control (ICPIC 2017), 6(Suppl 3) (52), pp.2. ⟨hal-01569262⟩
Article dans une revue
Beware batch culture: Seasonality and niche construction predicted to favor bacterial adaptive diversification
Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider, Guillaume Beslon
PLoS Computational Biology, 2017, 13 (3), e1005459 (32 p.). ⟨10.1371/journal.pcbi.1005459.s006⟩. ⟨hal-01508751⟩
Article dans une revue
The COQ2 genotype predicts the severity of coenzyme Q 10 deficiency
Maria Andrea Desbats, Valeria Morbidoni, Micol Silic-Benussi, Mara Doimo, Vincenzo Ciminale, Matteo Cassina, Sabrina Sacconi, Michio Hirano, Giuseppe Basso, Fabien Pierrel, Placido Navas, Leonardo Salviati, Eva Trevisson
Human Molecular Genetics, 2017, 25 (19), pp.4256 - 4265. ⟨10.1093/hmg/ddw257⟩. ⟨hal-01635280⟩
Article dans une revue
Impact of Chemical Analogs of 4-Hydroxybenzoic Acid on Coenzyme Q Biosynthesis: From Inhibition to Bypass of Coenzyme Q Deficiency
Fabien Pierrel
Frontiers in Physiology, 2017, 87, pp.80 - 80. ⟨10.3389/fphys.2017.00436⟩. ⟨hal-01583835⟩
Thèse
Ecological and molecular bases of adaptive diversification in Escherichia coli
Jessika Consuegra Bonilla
Microbiology and Parasitology. Université Grenoble Alpes, 2016. English. ⟨NNT : 2016GREAV090⟩. ⟨tel-01626007⟩
Article dans une revue
Proteomics and comparative genomics of Nitrososphaera viennensis reveal the core genome and adaptations of archaeal ammonia oxidizers
Melina Kerou, Pierre Offre, Luis Valledor, Sophie S. Abby, Michael Melcher, Matthias Nagler, Wolfram Weckwerth, Christa Schleper
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (49), pp.E7937-E7946. ⟨10.1073/pnas.1601212113⟩. ⟨hal-03412776⟩
Article dans une revue
Contrasting effects of historical contingency on phenotypic and genomic trajectories during a two-step evolution experiment with bacteria
Jessica Plucain, Antonia Suau, Stéphane Cruveiller, Claudine Médigue, Dominique Schneider, Mickael Le Gac
BMC Evolutionary Biology, 2016, 16 (1), ⟨10.1186/s12862-016-0662-8⟩. ⟨hal-01653387⟩
Rapport
EvoEvo Deliverable 6.8
Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Santiago F. Elena, Dominique Schneider, Paulien Hogeweg, Susan Stepney, Christophe Rigotti
[Research Report] INRIA Grenoble - Rhône-Alpes. 2016. ⟨hal-01577187⟩
Brevet
Réacteur intestinal implantable
Philippe Cinquin, Dominique Schneider, Max Maurin, Donald K Martin, Sarra El Ichi, Abdelkader Zebda, Jean-Pierre Alcaraz, Fabian Reche, Patrick Tuvignon
France, Patent n° : FR3034307. 2016. ⟨hal-02010289⟩
Rapport
EvoEvo Deliverable 1.5
Dominique Schneider, Guillaume Beslon, José-Luis Carrasco, Santiago F. Elena, Otmane Lamrabet, A. Willemsen
. [Research Report] INRIA Grenoble - Rhône-Alpes. 2016. ⟨hal-01577130⟩
Rapport
EvoEvo Deliverable 1.6
Dominique Schneider, Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Otmane Lamrabet
. [Research Report] INRIA Grenoble - Rhône-Alpes. 2016. ⟨hal-01577131⟩
Article dans une revue
Mechanistic Details of Early Steps in Coenzyme Q Biosynthesis Pathway in Yeast
Laurie-Anne Payet, Mélanie Leroux, John C. Willison, Akio Kihara, Ludovic Pelosi, Fabien Pierrel
Cell Chemical Biology, 2016, 23 (10), pp.1241 - 1250. ⟨10.1016/j.chembiol.2016.08.008⟩. ⟨hal-01424510⟩
Communication dans un congrès
In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification
Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider, Guillaume Beslon
2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, Sep 2016, Amsterdam, Netherlands. ⟨hal-01375677⟩
Article dans une revue
Evolution of Ubiquinone Biosynthesis: Multiple Proteobacterial Enzymes with Various Regioselectivities To Catalyze Three Contiguous Aromatic Hydroxylation Reactions
Ludovic Pelosi, Anne-Lise Ducluzeau, Laurent Loiseau, Frédéric Barras, Dominique Schneider, Ivan Junier, Fabien Pierrel
mSystems, 2016, 1 (4), pp.00091-16. ⟨10.1128/mSystems.00091-16⟩. ⟨hal-01424513⟩
Article dans une revue
Metabolic modelling in a dynamic evolutionary framework predicts adaptive diversification of bacteria in a long-term evolution experiment.
Tobias Grosskopf, Jessica Consuegra, Joël Gaffé, John Willison, Richard E Lenski, Orkun S. Soyer, Dominique Schneider
BMC Evolutionary Biology, 2016, 16 (1), pp.163. ⟨10.1186/s12862-016-0733-x⟩. ⟨hal-01360095⟩
Article dans une revue
Tempo and mode of genome evolution in a 50,000-generation experiment
Olivier Tenaillon, Jeffrey E. Barrick, Noah Ribeck, Daniel E. Deatherage, Jeffrey L. Blanchard, Aurko Dasgupta, Gabriel C. Wu, Sébastien Wielgoss, Stéphane Cruveiller, Claudine Médigue, Dominique Schneider, Richard E. Lenski
Nature, 2016, 536 (7615), pp.165 - 170. ⟨10.1038/nature18959⟩. ⟨hal-01653393⟩
Article dans une revue
Phenotypes Associated with Knockouts of Eight Dense Granule Gene Loci (GRA2-9) in Virulent Toxoplasma gondii.
Leah M Rommereim, Valeria Bellini, Barbara A Fox, Graciane Pètre, Camille Rak, Bastien Touquet, Delphine Aldebert, Jean-François Dubremetz, Marie-France Cesbron-Delauw, Corinne Mercier, David J Bzik
PLoS ONE, 2016, 11 (7), pp.e0159306. ⟨10.1371/journal.pone.0159306⟩. ⟨hal-01539047⟩
Brevet
Réacteur intestinal implantable
P. Cinquin, Dominique Schneider, Max Maurin, Donald K Martin, Sarra El Ichi, A Zebda, Jean-Pierre Alcaraz, Fabian Reche, Patrick Tuvignon, Jacques Thélu, Audrey Legouëllec, Bertrand Toussaint
France, N° de brevet: n° WO 2016/156612 A1. 2016. ⟨hal-02010232⟩
Article dans une revue
Insights into the Mechanisms of Basal Coordination of Transcription Using a Genome-Reduced Bacterium
Ivan Junier, E. besray Unal, Eva Yus, Verónica Lloréns-Rico, Luis Serrano
Cell Systems, 2016, 2 (6), pp.391 - 401. ⟨10.1016/j.cels.2016.04.015⟩. ⟨hal-01653839⟩
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