Pour la microscopie intravitale au-dessus de 1 mm de profondeur, la PF propose des techniques de micro-endoscopie.
La PF a un micro endoscope confocal (CellVizio 488, Mauna Kea) mono longueur d'onde 488 nm avec les sondes multi-fibres, diamètres 300 µm, pour l'endoscopie intracérébrale, cf fig1A.
La PF a la possibilité de développer l'endoscopie à deux photons avec l'utilisation de lentilles GRIN, cf fig1B.