Epidemiological investigation for grouped cases of Trichosporon asahii using whole genome and IGS1 sequencing
2 Centre d'Informatique pour la Biologie
3 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU d'Angers)
4 GEIHP - Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène
5 ICAT - SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques
6 Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasitologie-Mycologie
7 Observatoires Régionaux du Pneumocoque
8 CHU Amiens-Picardie
9 Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon]
10 LCE - Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249)
11 CHRU Brest - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest
12 LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement
13 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
14 CEA-DES (ex-DEN) - CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire)
15 TIMC-IMAG-TheREx - Thérapeutique Recombinante Expérimentale
16 Laboratoire de parasitologie [Pointe-à-Pitre]
17 EPat - Ecosystemes Amazoniens et Pathologie Tropicale
18 CHU Tenon [AP-HP]
19 CHU Sud Saint Pierre [Ile de la Réunion]
20 CHV - Centre Hospitalier de Versailles André Mignot
21 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
22 CHU Limoges
23 HCL - Hospices Civils de Lyon
24 Institut de parasitologie et mycologie médicale
25 VITROME - Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes
26 Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique]
27 HSM - Hydrosciences Montpellier
28 CHU Nice - Centre Hospitalier Universitaire de Nice
29 MEDyC - Matrice Extracellulaire et Dynamique Cellulaire - UMR CNRS 7369
30 Service de Parasitologie-Mycologie [Rennes]
31 ESCAPE - Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle
32 Hôpital Delafontaine
33 CHU ST-E - Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne]
34 Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse]
35 Hôpital universitaire Bichat
36 Hôpital Cochin [AP-HP]
37 AP-HP - Hopital Saint-Louis [AP-HP]
38 CHU Trousseau [APHP]
39 AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)
40 Institut Curie [Paris]
- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 746841
- IdHAL : desnos-ollivier-marie
- ORCID : 0000-0002-9137-0466
Connectez-vous pour contacter l'auteur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 185095
- IdHAL : corinne-maufrais
- ORCID : 0000-0002-8718-0432
- IdRef : 253121418
- Fonction : Auteur
- PersonId : 182926
- IdHAL : francoise-dromer
- ORCID : 0000-0003-1671-1475
- IdRef : 074496492
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1412669
- ORCID : 0009-0002-3453-1232
- IdRef : 117515043
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760475
- ORCID : 0000-0003-4144-476X
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760476
- IdHAL : laurence-millon
- ORCID : 0000-0001-5939-3409
- IdRef : 058504656
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 761958
- ORCID : 0000-0002-5776-4170
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1220119
- IdHAL : celine-nourrisson
- ORCID : 0000-0002-4003-805X
- IdRef : 250400405
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758330
- ORCID : 0000-0002-3028-2665
- IdRef : 059632526
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1144537
- ORCID : 0000-0003-4155-3675
- IdRef : 120502410
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1218234
- ORCID : 0000-0001-8285-8550
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 856494
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 919214
- ORCID : 0000-0002-4974-5607
- IdRef : 074162063
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 9826
- IdHAL : aalanio
- ORCID : 0000-0001-9726-3082
- IdRef : 177410132
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1044082
- ORCID : 0000-0001-6447-6874
Résumé
Background Trichosporonosis is a rare invasive infection in humans mainly due to Trichosporon asahii, and especially recovered from patients having haematological malignancy. Since 2012, IGS1 region sequencing is used as a genotyping method to distinguish isolates, with high frequency of one haplotype worldwide and a geographic specificity for some haplotypes. Objectives We compared the IGS1 genotyping method and whole genome sequencing (WGS) to study the relationship between clinical isolates involved in two grouped cases in France. Methods IGS1 sequencing and antifungal susceptibility testing were performed for 54 clinical isolates. Clinical data for 28 isolates included in surveillance programs were analysed. Whole genome was sequenced for 32 clinical isolates and the type strain. Results All isolates were intrinsically resistant to flucytosine, while voriconazole had the most potent in vitro activity. The majority of the isolates was recovered from patients with haematological malignancies (42.86%), with a high proportion of children (<15 yrs-old, 32.14%) and a high mortality rate at three months (46.15%). Based on the WGS analysis, isolates exhibiting IGS1 haplotype 1, 3 and 7 belonged to different clades. Five isolates recovered during the first grouped cases had the same IGS1 haplotype and shared 99% of SNPs similarity. For the second grouped cases, four isolates had 98.7% of SNPs similarity while the isolate recovered 4 years earlier was totally unlinked. Conclusions We confirmed the usefulness of IGS1 sequencing for grouped cases infection of T. asahii. We underlined its limitation for the study of population structure and the utility of WGS analysis for the study of epidemiologically unrelated isolates.
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
|---|