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Epidemiological investigation for grouped cases of Trichosporon asahii using whole genome and IGS1 sequencing
Marie Desnos-Ollivier
1, *
Corinne Maufrais
2
Marc Pihet
3
Christine Aznar
4
Françoise Dromer
1
N. Brieu
5
T. Chouaki
6
S. Bland
V. Blanc
A.P. Bellanger
7
F. Grenouillet
8
L. Millon
8
S. Brun
I. Poilane
F. Gabriel
A.L. Roux
D. Quinio
E. Moalic
9
J. Bonhomme
P. Poirier
C. Nourrisson
10
F. Botterel
11
N. Fauchet
E. Forget
F. Dalle
12
P. Cahen
C. Lawrence
O. Faure
D. Maubon
13
M. Cornet
13
M. Nicolas
14
M. Demar
15
C. Nabet
A. Angoulvant
16
S. Picot
17
N. Traversier
O. Eloy
18
B. Sendid
19
B. Bouteille
20
F. Persat
21
M. Wallon
22
S. Ranque
23
H. Piarroux
N. Desbois
24
L. Collet
25
N. Bourgeois
L. Lachaux
F. Moriot
O. Mouquet
L. Hasseine
26
M. Gari‐toussaint
M. Sasso
D. Poisson
A. Minoza
C. Kauffman
D. Toubas
27
J.P. Gangneux
28
L. Favennec
29
N. Godineau
30
H. Rabérin
31
V. Bru
S. Cassaing
32
E. Bailly
E. Chachaty
C. Bonnal
33
A. Paugam
34
B. Heym
M.‐e. Bougnoux
E. Sitterle
11
Alexandre Alanio
35
D. Moissenet
36
S. Bonacorsi
37
P. Mariani
38
*
Auteur correspondant
13
TIMC-TheREx - Thérapeutique Recombinante Expérimentale
TIMC - Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525
20
CHU Limoges
Marie Desnos-Ollivier 1
Auteur correspondant
Corinne Maufrais 2
Auteur IdHAL : corinne-maufrais ORCID : https://orcid.org/0000-0002-8718-0432
Marc Pihet 3
Auteur
Christine Aznar 4
Auteur
Françoise Dromer 1
Auteur IdHAL : francoise-dromer ORCID : https://orcid.org/0000-0003-1671-1475
N. Brieu 5
Auteur
T. Chouaki 6
Auteur
S. Bland
Auteur
E. Sitterle 11
Auteur
Alexandre Alanio 35
Auteur IdHAL : aalanio ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/N-8472-2016 IdRef : https://www.idref.fr/177410132 ORCID : https://orcid.org/0000-0001-9726-3082
D. Moissenet 36
Auteur
S. Bonacorsi 37
Auteur
P. Mariani 38
Auteur
1
Mycologie moléculaire - Molecular Mycology (Département de mycologie
25-28, rue du Docteur Roux
75724 Paris cedex 15 - France)
- Institut Pasteur [Paris] (25-28, rue du docteur Roux, 75724 Paris cedex 15 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 2000 (France)
2
Centre d'Informatique pour la Biologie (28 rue du Dr Roux 75724 Paris cedex 15 - France)
- Institut Pasteur [Paris] (25-28, rue du docteur Roux, 75724 Paris cedex 15 - France)
3
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU d'Angers) (4 rue Larrey
49 933 Angers Cedex 9 - France)
- CHU Angers - Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (4 rue Larrey - 49933 Angers cedex 9 - France)
4
Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasitologie-Mycologie (Rue des flamboyants - B.P 6006 - Cayenne 97306 Cedex - Guyane française)
- Coordination Régionale de la lutte contre le Virus de L'Immunodéficience Humaine (COREVIH) (France)
- Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française] (Av des flamboyants, Cayenne 97306 - Guyane française)
- UA - Université des Antilles (Université des Antilles | Fouillole - BP 250 - 97157 Pointe-à-Pitre - France)
5
Observatoires Régionaux du Pneumocoque (France)
- Partenaires INRAE (Cette structure regroupe l'ensemble des structures créées pour la reprise des données ProdInra - France)
6
UPJV - Université de Picardie Jules Verne (Chemin du Thil - 80000 Amiens - France)
7
Service de parasitologie et mycologie [CHU de Besançon] (Hôpital Saint-Jacques, 2, place Saint-Jacques - 25030 Besançon Cedex - France)
8
LCE - Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (UFR Sciences et Techniques - 16, route de Gray - 25030 Besançon Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6249 (France)
- UFC - Université de Franche-Comté (1 rue Goudimel 25030 Besançon cedex - France)
10
LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (Campus Universitaire des Cézeaux, TSA 60026, 1 Impasse Amélie Murat, 63178 Aubière - France)
- UBP - Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 : UMR6023 (34, avenue Carnot - BP 185 / 63006 Clermont-Ferrand cedex - France)
- UdA - Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I : UMR6023 (49, Boulevard François-Mitterrand / CS 60032 / 63001 Clermont-Ferrand Cedex 1 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6023 (France)
11
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (Créteil - France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
- Hôpital Henri Mondor (France)
- UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (61 avenue du Général de Gaulle - 94010 Créteil cedex - France)
12
CEA-DES (ex-DEN) - CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire) (France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives : DES (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
13
TIMC-TheREx - Thérapeutique Recombinante Expérimentale (Domaine de la Merci, 37006 La Tronche, France - France)
- TIMC - Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (Domaine de la Merci, 38706 La Tronche, France - France)
- IMAG (France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5525 (France)
- UGA - Université Grenoble Alpes (Adresse CS 40700 - 38058 Grenoble cedex - France)
- Grenoble INP - Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (46 avenue Félix Viallet 38031 Grenoble Cedex 1 - France)
- UGA - Université Grenoble Alpes (Adresse CS 40700 - 38058 Grenoble cedex - France)
14
Laboratoire de parasitologie [Pointe-à-Pitre] (97110 Pointe-à-Pitre, Guadeloupe - France)
- CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] (Route de Chauvel - BP 465 - 97159 Pointe-à-Pitre cedex - France)
15
EPat - Ecosystemes Amazoniens et Pathologie Tropicale (Campus de Troubiran - BP 20792 - 97337 CAYENNE CEDEX - Guyane française)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- UG - Université de Guyane : EA3593 (Campus de Troubiran - BP 20792- 97337 Cayenne Cedex - Guyane - Guyane française)
16
CHU Tenon [APHP] (4 Rue de la Chine, 75020 Paris - France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
- Sorbonne Université (France)
17
CHU Sud Saint Pierre [Ile de la Réunion] (France - France)
18
CHV - Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (Versailles, Trappes, Andrésy et Bois d'Arcy, Chesnay - France)
20
CHU Limoges (Centre Hospitalier Universitaire Dupuytren - 2 avenue Martin Luther King 87042 LIMOGES - France)
21
HCL - Hospices Civils de Lyon (3 Quai des Célestins
69002 Lyon - France)
22
Institut de parasitologie et mycologie médicale (France)
- HCL - Hospices Civils de Lyon (3 Quai des Célestins 69002 Lyon - France)
23
VITROME - Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (IHU Méditerranée Infection
19-21 Bd Jean Moulin
13005 Marseille - France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement : UMR_D 257 (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- AMU - Aix Marseille Université : UMR MD4 (Aix-Marseille Université Jardins du Pharo 58 Boulevard Charles Livon 13284 Marseille cedex 7 - France)
- IRBA - Institut de Recherche Biomédicale des Armées (Brétigny-sur-Orge - France)
24
Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique] (CS 90632 - 97261 Fort-de-France cedex - Martinique)
- CHU Fort de France (France)
- CHU de la Martinique [Fort de France] (CS 90632 – 97261 Fort de France Cedex Martinique - Martinique)
- Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique] (CS 90632 - 97261 Fort-de-France cedex - Martinique)
- CHU de la Martinique [Fort de France] (CS 90632 – 97261 Fort de France Cedex Martinique - Martinique)
25
HSM - Hydrosciences Montpellier (Univ. Montpellier - Case MSE Place Eugène Bataillon 34095 MONTPELLIER CEDEX 5 - France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- UM2 - Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (Place Eugène Bataillon - 34095 Montpellier cedex 5 - France)
- INSU - CNRS - Institut national des sciences de l'Univers : UMR5151 (INSU-CNRS 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris Cedex 16 - France)
- UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5151 (France)
26
CHU Nice - Centre Hospitalier Universitaire de Nice (30, Voie Romaine
CS 51069 - 06001 Nice Cedex 1 - France)
27
MEDyC - Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (Faculté de Médecine 51 Rue Cognacq-Jay 51095 REIMS CEDEX - France)
- SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé) (Faculté de Médecine de Reims, 51, rue Cognacq Jay, CS 30018,
51095 Reims Cedex - France)
- URCA - Université de Reims Champagne-Ardenne : FED 4231 (9 boulevard de la Paix - CS 60005 - 51724 Reims cedex - France)
- UPJV - Université de Picardie Jules Verne : FED 4231 (Chemin du Thil - 80000 Amiens - France)
- URCA - Université de Reims Champagne-Ardenne : UMR 7369 (9 boulevard de la Paix - CS 60005 - 51724 Reims cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 7369 (France)
28
Service de Parasitologie-Mycologie [Rennes] (2 rue Henri Le Guilloux 35000 Rennes - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- Hôpital Pontchaillou (France)
- CHU Pontchaillou [Rennes] (2 Rue Henri le Guilloux, 35000 Rennes - France)
29
ESCAPE - Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (Université de Reims Champagne-Ardenne
UFR de Médecine
51 rue Cognacq-Jay
51095 REIMS cedex - France)
- ANSES - Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (14 rue Pierre et Marie Curie 94701 MAISONS-ALFORT Cedex - France)
- UNIROUEN - Université de Rouen Normandie (1, rue Thomas Becket 76821 Mont-Saint-Aignan Cedex - France)
- NU - Normandie Université (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 Caen Cedex 5 - France)
- URCA - Université de Reims Champagne-Ardenne : EA 7510 (9 boulevard de la Paix - CS 60005 - 51724 Reims cedex - France)
30
Hôpital Delafontaine (2 rue du docteur Delafontaine 93 205 Saint-Denis - France)
- Centre Hospitalier de Saint-Denis [Ile-de-France] (2 Rue du Dr Delafontaine, 93200 Saint-Denis - France)
31
CHU de Saint-Etienne - Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (42055 Saint Etienne cedex 2 - France)
32
Service de Parasitologie-Mycologie [Toulouse] (Place du Docteur Baylac - TSA 40031 - 31059 Toulouse cedex 9 - France)
- UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier (118 route de Narbonne - 31062 Toulouse - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- CHU Toulouse [Toulouse] (Hôtel-Dieu Saint Jacques 2, rue Viguerie TSA 80035 31059 Toulouse cedex 9 - France)
- Hôpital Purpan [Toulouse] (Place du Docteur Baylac
TSA 40031
31059 Toulouse cedex 9 - France)
- CHU Toulouse [Toulouse] (Hôtel-Dieu Saint Jacques 2, rue Viguerie TSA 80035 31059 Toulouse cedex 9 - France)
33
Hôpital universitaire Bichat (France)
34
CHU Cochin [AP-HP] (27 Rue du Faubourg Saint-Jacques 75014 Paris - France)
35
AP-HP - Hopital Saint-Louis [AP-HP] (1 Avenue Claude Vellefaux, 75010 Paris - France)
36
CHU Trousseau [APHP] (26 Avenue du Dr Arnold Netter, 75012 Paris - France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
- Sorbonne Université (France)
38
Institut Curie [Paris] ( 26 rue d'Ulm - 75248 Paris - France)
Type de document :
Article dans une revue
Domaine :
Liste complète des métadonnées
https://hal.univ-angers.fr/hal-02862513
Contributeur : Nathalie Clement <>
Soumis le : mardi 9 juin 2020 - 15:41:24
Dernière modification le : mardi 20 avril 2021 - 11:54:03
Contributeur : Nathalie Clement <>
Soumis le : mardi 9 juin 2020 - 15:41:24
Dernière modification le : mardi 20 avril 2021 - 11:54:03
Identifiants
- HAL Id : hal-02862513, version 1
- DOI : 10.1111/myc.13126
- PUBMED : 32506754
Collections
UNIV-ANGERS | PASTEUR | IMAG | UNIV-AG | UNIV-TLSE3 | HCL | UNIV-FCOMTE | LMGE | CURIE | UPEC-UPEM | UPEC | UNIV-RENNES1 | CEA | FNCLCC | AGROPOLIS | DEN | MEDYC | CHRONO-ENVIRONNEMENT | UNIV-MONTPELLIER | LMR | URCA | UNIV-RENNES | HSM | UNIV-AMU | GUYANE | CNRS | PRES_CLERMONT | B3ESTE | INSU | UNAM | TIMC-IMAG | TIMC-IMAG-THEREX | PSL | COMUE-NORMANDIE | ESCAPE-ROUEN | UNIROUEN | ANSES | VECPAR | ESCAPE-REIMS | UGA | SORBONNE-UNIVERSITE
Citation
Marie Desnos-Ollivier, Corinne Maufrais, Marc Pihet, Christine Aznar, Françoise Dromer, et al.. Epidemiological investigation for grouped cases of Trichosporon asahii using whole genome and IGS1 sequencing. Mycoses, Wiley, 2020, ⟨10.1111/myc.13126⟩. ⟨hal-02862513⟩
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