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Publications
Publications de l'équipe TREE
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Thèse
Etude de l'origine et de la diversification des voies de biosynthèse des quinones respiratoires
Sophie-Carole Chobert
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2024. Français. ⟨NNT : 2024GRALV100⟩. ⟨tel-04971170⟩
Poster de conférence
Les siphons de lavabos et les eaux usées hospitalières : un réservoir pour les bactéries résistantes aux antibiotiques
Aurélie Hennebique, Jostin Monge-Ruiz, Morgane Roger-Margueritat, Patrice Morand, Claire Terreaux-Masson, Nadia Kurtz, Jennifer Charbonnier, Max Maurin, Corinne Mercier, Caroline Landelle, Elena Buelow
44e RÉUNION INTERDISCIPLINAIRE DE CHIMIOTHÉRAPIE ANTI-INFECTIEUSE, Dec 2024, Paris, France. ⟨hal-04976955⟩
Article dans une revue
Non-vaccinal prophylaxis of tularemia
Max Maurin, Aurélie Hennebique, Camille Brunet, Léa Pondérand, Isabelle Pelloux, Sandrine Boisset, Yvan Caspar
Frontiers in Microbiology, 2024, 15, ⟨10.3389/fmicb.2024.1507469⟩. ⟨hal-04837509⟩
Pré-publication, Document de travail
Targeting fungal BET bromodomains as a pan - Candida antifungal strategy
Kaiyao Wei, Justin Overhulse, Marie Arlotto, Yingsheng Zhou, Nathan Dupper, Boris Kashemirov, Cécile Garnaud, Gaëlle Bourgine, Muriel Cornet, Gwenaël Rabut, Charles Mckenna, Carlo Petosa, Jérôme Govin
2024. ⟨hal-04799397⟩
Chapitre d'ouvrage
Identification of Protein Secretion Systems in Bacterial Genomes Using MacSyFinder Version 2
Sophie Abby, Rémi Denise, Eduardo P. C. Rocha
Bacterial Secretion Systems: methods and protocols [second edition], 2715, Springer, pp.1-25, 2024, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-3445-5 (eBook). ⟨10.1007/978-1-0716-3445-5_1⟩. ⟨hal-04886614⟩
Communication dans un congrès
Bioinformatic analysis of the evolution of phototrophy in a bacterial clade: Pseudomonadota
Timothée Salzat-Hervouette, Sophie Abby
Journées Origin of Life, Guillaume Chaverot; Margaux Jullien, Nov 2024, Saint-Martin-d'Hères, France. ⟨hal-04970898⟩
Article dans une revue
Oropharyngeal tularemia outbreak linked to drinking contaminated tap water in North-Western Iran
Parisa Esmaeili, Simin Khayatzadeh, Max Maurin, Mohammad Mehdi Gouya, Saber Esmaeili, Ehsan Mostafavi
Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 2024, 110 (3), pp.116478. ⟨10.1016/j.diagmicrobio.2024.116478⟩. ⟨hal-04997900⟩
Communication dans un congrès
MacSyFinder v2: Improved modelling and search engine to identify molecular systems in genomes
Sophie S. Abby
Symposium GT-SFBBM Archaea 2024, Oct 2024, Gif-sur Yvette, France. ⟨hal-04985182⟩
Article dans une revue
A global chromoblastomycosis strategy and development of the global chromoblastomycosis working group
Dallas Smith, Flávio Queiroz-Telles, Fahafahantsoa Rapelanoro Rabenja, Roderick Hay, Alexandro Bonifaz, Marlous Grijsen, Romain Blaizot, Fernando Messina, Yinggai Song, Shawn Lockhart, Alexander Jordan, Alyson Cavanaugh, Anastasia Litvintseva, Tom Chiller, Marco Schito, Sybren de Hoog, Vania Aparecida Vicente, Muriel Cornet, Daniel Argaw Dagne, Lala Ramarozatovo, Conceição de Maria Pedrozo E Silva de Azevedo, Daniel Wagner C. L. Santos
PLoS Neglected Tropical Diseases, 2024, 18 (10), pp.e0012562. ⟨10.1371/journal.pntd.0012562⟩. ⟨hal-04997091⟩
Poster de conférence
Hospital sink drains and wastewater are reservoirs for antibiotic resistant bacteria.
Aurélie Hennebique, Jostin Monge-Ruiz, Morgane Roger-Margueritat, Patrice Morand, Claire Terreaux-Masson, Nadia Kurtz, Jennifer Charbonnier, Max Maurin, Corinne Mercier, Caroline Landelle, Elena Buelow
Microbes, Oct 2024, Lille, France. ⟨hal-04976951⟩
Communication dans un congrès
Study of quinone exchanges in the gut microbiota
Morgane Roger-Margueritat, Sophie-Carole Chobert, Audrey Le Gouellec, Sophie Abby, Fabien Pierrel
19ème congrès de la Société Française de Microbiologie (SFM), Oct 2024, Lille, France. ⟨hal-04985457⟩
Poster de conférence
Evolution of resistance integrons and impact of bacterial lifestyle and antibiotic stress
Morgane Maniveau, Hugo Mathe-Hubert, Aissata Fofana, Yohann Lacotte, Sandra Da Re, Thomas Hindré, Sophie Raherison
19e congrès national de la SFM, Oct 2024, Lille, France. ⟨hal-04942242⟩
Article dans une revue
A Mouse Model of Mild Clostridioides difficile Infection for the Characterization of Natural Immune Responses
Assaf Mizrahi, Gauthier Péan de Ponfilly, Diane Sapa, Antonia Suau, Irène Mangin, Aurélie Baliarda, Sandra Hoys, Benoît Pilmis, Sylvie Lambert, Anaïs Brosse, Alban Le Monnier
Microorganisms, 2024, 12 (10), pp.1933. ⟨10.3390/microorganisms12101933⟩. ⟨hal-04764178⟩
Article dans une revue
DciA secures bidirectional replication initiation in
Vibrio cholerae
Amelie Besombes, Yazid Adam, Christophe Possoz, Ivan Junier, François–xavier Barre, Jean-Luc Ferat
ier Barre, et al.. DciA secures bidirectional replication initiation in Vibrio cholerae. Nucleic Acids Research, 2024, 52 (20), pp.12324 - 12333. ⟨10.1093/nar/gkae795⟩. ⟨hal-04778285⟩
Article dans une revue
Easy-to-use imaging-cytometry assay to analyze chitin patterns in yeasts
Delphine Aldebert, Bastien Suarez, François Bettega, Emilie Boucher, Cecile Garnaud, Muriel Cornet
Journal of Medical Mycology = Journal de Mycologie Médicale, 2024, 34 (3), pp.101493. ⟨10.1016/j.mycmed.2024.101493⟩. ⟨hal-04886599⟩
Article dans une revue
Current knowledge and practice of Candida auris screening in France: A nationwide survey from the French Society of Medical Mycology (SFMM)
J. Guitard, A.P. Bellanger, J. Dorin, S. Cassaing, A. Capitaine, F. Gabriel, M. Nicolas, N. Coron, P. Penn, M. Moniot, D. Quinio, S. Ranque, M. Sasso, P. Lepape, E. Dannaoui, S. Brun, C. Lacroix, M. Cornu, A. Debourgogne, M.F. Durieux, G. Laurent, V. Bru, N. Bourgeois, Kévin Brunet, K. Brunet, T. Chouaki, A. Huguenin, L. Hasseine, D. Maubon, J.P. Gangneux, N. Desbois-Nogard, S. Houze, F. Dalle, M.E. Bougnoux, A. Alanio, D. Costa, F. Botterel, C. Hennequin
Journal of Medical Mycology = Journal de Mycologie Médicale, 2024, 34 (3), pp.101490. ⟨10.1016/j.mycmed.2024.101490⟩. ⟨hal-04675511⟩
Logiciel
MacSyFinder
Bertrand Néron, Sophie Abby, Eduardo Rocha
2024, ⟨swh:1:dir:a33618de0c3738daa75c2b1bc3e302df450a3987;origin=https://github.com/gem-pasteur/macsyfinder;visit=swh:1:snp:c8f689b846b5ddaff789ace1e17a2e6ad56e6d0e;anchor=swh:1:rel:2371db752dab111a56fe281675e7176c4da9983d⟩. ⟨hal-04668349v3⟩
Article dans une revue
Azole resistance in Aspergillus flavus and associated fitness cost
Elie Djenontin, Anne Debourgogne, Bita Mousavi, Laurence Delhaes, Muriel Cornet, Isabel Valsecchi, Makiath Adebo, Jacques Guillot, Françoise Botterel, Eric Dannaoui
Mycoses, 2024, 67 (7), pp.2169. ⟨10.1111/myc.13766⟩. ⟨hal-04997696⟩
HDR
Immunothérapie des Cancers : Décryptage des mécanismes d’actions et Identification de biomarqueurs pour maximiser les réponses aux traitements
Dalil Hannani
Immunologie. UGA (Université Grenoble Alpes), 2024. ⟨tel-04753901⟩
Article dans une revue
An ethically guided preclinical device for phenotyping H2 production in laboratory rodents
Victor Pascal-Moussellard, Emilie Boucher, Stéphane Tanguy, Philippe Cinquin, Pierre‐alain Barraud, Chloé Davin, Cordélia Salomez-Ihl, Dalil Hannani, François Boucher, Jean‐pierre Alcaraz
Animal Model Exp Med / Animal models and experimental medicine., 2024, 7 (4), pp.553-561. ⟨10.1002/ame2.12460⟩. ⟨hal-04634474⟩
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