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Introduction équipe

 

 

Thématiques

Les membres de l’équipe TrEE combinent des approches interdisciplinaires expérimentales et in silico pour comprendre les mécanismes évolutifs d’adaptation des microorganismes à leur environnement ou à l’hôte qu’ils habitent ou infectent, et pour développer des applications biotechnologiques. Nous étudions la dynamique des interactions au sein de la cellule, au sein de populations microbiennes, et entre ces populations microbiennes et leur environnement/hôte. Cinq axes de recherches forment un continuum entre recherche fondamentale et translationnelle dans un objectif de progrès de la connaissance et d’innovation diagnostique et/ou thérapeutique.

Axes de recherche

Groupes de recherche

 

Axe 1 : Évolution et ingénierie du métabolisme

Responsables : Dr. Audrey le Gouellec & Dr. Fabien Pierrel

L’axe «évolution et ingénierie du métabolisme» rassemble cliniciens et chercheurs qui décryptent l’évolution du métabolisme des micro-organismes en lien avec leur environnement et conçoivent de manière rationnelle des microbes ingéniérés répondant à des problématiques de santé. Nous étudions les évolutions métaboliques à différentes échelles de temps et d’espèces en combinant des approches expérimentales et bio-informatiques. Nous utilisons des techniques de biologie moléculaire, de biochimie avec des approches classiques mais également sans à priori, et ce notamment par métabolomique non ciblée sur la plateforme GEMELI-GExiM

 

Axe 2 : Évolution et ingénierie du microbiote

Responsables : Dr. Dalil Hannani

Nous étudions l’impact du microbiote intestinal sur l’hôte, en particulier sur son système immunitaire, en situation normale et pathologique (réponse à la vaccination, cancer, auto-immunité, infections aiguës ou chroniques). Nous développons de nombreuses stratégies de manipulation et optimisation contrôlées du microbiote intestinal, notamment par prébiotique, probiotique et bactéries ingéniérées sur des voies métaboliques d’intérêt. Cet axe translationnel s’étend de recherches précliniques à des études cliniques visant à démontrer l’importance des fonctions métaboliques du microbiote pour la réponse à l’immunothérapie dans le cancer du poumon.

 

Axe 3 : Évolution de la structure et de l’expression des (méta-)génomes

Responsables : Dr. Ivan Junier & Dr. Thomas Hindré

La composition et l’organisation des génomes procaryotes sont fortement contraintes par la sélection naturelle, mais également par des effets de dérive neutre, qui opèrent à de multiples échelles de temps, allant de quelques générations à des milliards de générations. En résultent des génomes mosaïques complexes, mêlant aussi bien structures stables que dynamiques, qui contribuent à l'extraordinaire capacité adaptative des microorganismes. Dans cet axe, nous étudions les mécanismes de cette plasticité afin de mieux prédire les réponses adaptatives des microorganismes. Pour ceci, nous combinons des approches d’évolution expérimentale, de biologie moléculaire, de génomique comparative, de phylogénomique et de biophysique de l’ADN.

 

Axe 4 : Évolution vers la résistance aux antimicrobiens

Responsables : Prof. Muriel Cornet & Dr. Corinne Mercier

Les objectifs de cet axe de recherche incluent l’analyse des trajectoires évolutives qui conduisent à la mise en place de mécanismes de résistances (résistances intrinsèques, résistances aux faibles doses et aux fortes doses) et de tolérance aux agents anti-microbiens (antibiotiques et antifongiques). Ces études sont menées in vitro (induction des résistances sous pression antibiotique ou antifongique), in natura (patients, environnement) et in silico. Elles font appel à des technologies variées (microbiologie, métagénomique, génétique, biologie cellulaire, biochimie, métabolomique, lipidomique, immunologie, épidémiologie, analyses statistiques multivariées, …). Les données fondamentales permettent le développement de tests diagnostiques et de nouveaux moyens de lutte contre les agents infectieux ciblés (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Streptomyces spp, Candida spp, et agents de zoonoses…).

 

Axe 5 : Vectorisation et membranes

Responsables : Dr. Béatrice Schaack & Prof. Jean-Luc Lenormand

L'axe "Vectorisation et Membranes" s'intéresse à l'étude des membranes et des protéines membranaires dans les problématiques d'interactions hôte-pathogène, de détermination de cibles antigéniques membranaires et de l'influence de l'environnement lipidique sur la structure et la fonction des protéines membranaires. Ces études font appel à plusieurs approches expérimentales incluant la production et la caractérisation au niveau biochimique et biophysique des vésicules extracellulaires issues de différents organismes procaryotes et eucaryotes, la production de protéines membranaires sous forme de protéoliposomes grâce à des systèmes d'expression acellulaire en présence de lipides synthétiques de différentes compositions, l'utilisation des techniques de microscopie (AFM, électronique, fluorescence), la DLS, la spectroscopie d'impédance (Tethapod) et le dichroïsme circulaire pour n'en citer que quelques unes. Afin de permettre une meilleure internalisation de certaines macromolécules, des systèmes de vectorisation sont utilisés tels que des peptides de pénétration cellulaire et des liposomes synthétiques. Ces approches biotechnologiques permettent de mieux comprendre au niveau des membranes des pathogènes et des cellules hôtes, certains mécanismes moléculaires responsables de la pathogénèse et d'apporter des solutions thérapeutiques ou vaccinales innovantes. Ces approches sont utilisées pour traiter certaines bactéries multi-résistantes aux antibiotiques mais aussi des infections fongiques ou certains types de cancers.

Membres
Introduction membres

L'équipe TrEE est dirigée Fabien.Pierrel [at] univ-grenoble-alpes.fr (Fabien Pierrel).
 

Responsable(s)

Permanents

Autres

Doctorants

 

Les thèses en cours dans l'équipe
 

Thèses
Plateformes - Ressources
PLATEFORME INFECTIOLOGIE EXPERIMENTALE

PIE

 

Plateforme d’Infectiologie Expérimentale

 

 

Le Plateau Infectiologie Expérimentale met à disposition une station d'imagerie automatisée à fluorescence en environnement L2.

 

 

PIE

         > Lien direct vers la vidéo

 

 

Plateforme de métabolomique par spectrométrie de masse // GExiM

 

Plateforme de métabolomique par spectrométrie de masse

logo

* Mission de la plateforme

Le laboratoire TIMC dispose d’un accès à un spectromètre de masse haute résolution couplé à une système de chromatographie liquide pour la recherche fondamentale, la recherche translationnelle et clinique en santé, et d’un savoir-faire de l’équipe en analyse de données de métabolomique non ciblée. La plateforme de métabolomique GExiM est une structure technologique hospitalo-universitaire (UGA et CHUGA) fondée en 2018 qui a pour objectif l'étude du métabolome, c'est-à-dire de l'ensemble des métabolites (molécules <1,5 kDa) présents dans un échantillon biologique, pour donner une information diagnostique, pronostique ou thérapeutique ou bien encore d’une meilleur compréhension des mécanismes physiopathologiques des maladies humaines. Elle contribuera à générer des connaissances dans le domaine de la santé, à communiquer aux communautés de scientifiques et au grand public les résultats de la recherche mais aussi à promouvoir la formation des futurs médecins et personnels de santé.
 

* Localisation :

Plateforme de métabolomique GExiM
1er étage Institut de Biologie et de pathologie CHU Grenoble Alpes
9 Boulevard de la Chantourne, 38700 La Tronche

La plateforme GExiM est localisée à l’institut de Biologie et de Pathologie, facilitant ainsi la prise en charge des échantillons clinique par une équipe pluridisciplinaire compétente constituée entre autres de biologistes des hôpitaux et d’ingénieurs.

  • 1er étage, pièce N1-215 :  Pre-analytique et analyse de spectrométrie de masse
  • 1er étage, pièce N1-208 :  Post-analytique. Analyses chimiométriques
   IBP

* Équipement :

  • Un système de  chromatographie : Vanquich Flex Binary W/O Det
     
  • Un spectromètre de masse : Q Exactive Plus avec enhanced resolution mode. System with Ion Max Source, H-ESI II probe, Chemyx Fusion 100 syringe pump and Rheodyne 6-Port Valve.
    • Gamme de masse : 50 à 6000 Da
    • Résolution de 140,000 à la masse m/z 200 et une vitesse de scan de 1,5 Hz, 17500 la masse m/z 200 à 12 Hz
    • Précision de masse : 5 ppm
    • Sensibilité : sub femtomole pour des peptides, 500fg de Buspirone « on column,
    • Full MS: S/N 100:1 et en mode SIM : 50 fg Buspirone, on column S/N 100:1
       
  • Un générateur d’azote: Nitrogen Generator Genius 1022 (Peak Scientific)

 

* Personnels :

      - Responsables scientifiques : Pr Bertrand Toussaint et Dr Audrey Le Gouellec      

      - Ingénieurs : Valérie Cunin, Sylvie Michelland et Federica Fiorini     

      - Comité scientifique : Pr M. Seve (Doyen de la Facuté de Pharmacie), Pr P. Faure (Chef de service de Biochimie, Biologie moléculaire, et Toxicologie Environementale), Dr A.E. Hay de Bettignie (UFR de Lyon)

      - Comité de suivi : un coordinateur scientifique, un membre de la DRCI pour le CHUGA, un personnel de Floralis, un personnel de la DGDRIV
 

* Soutien financier : 

Cette plateforme a bénéficié d'une aide de l’État gérée par l'Agence Nationale de la Recherche au titre du programme « Investissements d'avenir» portant la référence ANR-15-IDEX-02.

  AURA IDEX UGA CHUGA

 

* Demande de projet : 

Principe

 

UNITÉ CYTOLOGIE HISTOLOGIE

 

Unité Médico-Technique Universitaire de Cytologie Histologie

 

cyto cyto

 

L’objectif de l’unité est de fournir une expertise dans le domaine de l’analyse morphologique à travers l’examen de coupes histologiques mais également d’immunomarquages pour la détection d’antigènes spécifiques.
Une approche quantitative peut également être réalisée en fonction du type d’immunomarquage.

 

* Responsable scientifique : Dr Jean Boutonnat PH DACP

* Responsable technique : Véronique Curri

 

* Informations & prestations :

 

* Localisation : Bâtiment Jean Roget

  • 1er étage, en salle 113 : Imprégnation et inclusion en paraffine  -  Colorations  -  Immunomarquage
  • 4e étage, en salle 410 (climatisée)  : Coupe en paraffine – Coupe au cryostat

 

 

Enseignements-Formations

Le caractère pluri-disciplinaire des activités de recherche de l'équipe TrEE repose sur l'association de chercheurs et enseignant-chercheurs rattachés à un large panel de sections CNU (64, 65, 44.01, 82, 87 ...) et commissions CNRS (7, 16, 21, 28, 51, …). Cette particularité conduit logiquement à l'implication des membres de l’équipe dans des activités d'enseignement et de formation à tous les niveaux (de la Licence au Doctorat) et dans plusieurs composantes de l’Université Grenoble Alpes (UFR Médecine, Pharmacie, UFR Chimie-Biologie) mais aussi du CNAM Paris. Il s'agit notamment d'enseignements dans les domaines de la microbiologie, de la génétique des procaryotes, de la biologie moléculaire et cellulaire, des maladies infectieuses, des interactions hôtes-pathogènes, de la parasitologie, de la biologie animale, de la différenciation et du développement, de la biochimie, de la biologie des systèmes des biotechnologies et de l’Immunologie et immuno-oncologie. De plus, plusieurs membres de l'équipe portent des responsabilités pédagogiques et/ou collectives ;
 

  • Delphine Aldebert est assesseur du CNU en section 87, du Conseil d’UFR et de la CSPM H3S. Elle est responsable du parcours recherche à l’UFR de Pharmacie, et co-responsable pédagogique du service TP santé qui propose l’accès à des plateaux techniques aux équipes de recherche. Elle est responsable du DIU "Initiation à la cytométrie en flux" à l'UGA.
     

  • Muriel Cornet est responsable du DU Thérapeutiques et Microbiotes à l'UGA et enseignante à la faculté de Pharmacie de la deuxième à la sixième année, en Licence Professionnelle (LPRO) et Master M2 Industrie du diagnostic in vitro.
     

  • Joël Gaffé est responsable de l’unité d’enseignement « Microbiology » du parcours de Master 2 « Immunology, Microbiology, Infectious Diseases » du Master de Biologie.
     

  • Aurélie Hennebique est enseignante à la faculté de Pharmacie de l’UGA. Elle enseigne la bactériologie fondamentale et clinique de la deuxième à la sixième année de pharmacie, en Licence Professionnelle et en M1 et Master M2 Ingénierie de la Santé.
     

  • Thomas Hindré est responsable pédagogique de la Licence mention Sciences de la Vie et de l'unité d'enseignement "M1-BIO827: Bacteriology" du parcours "Molecular and Cellular Biology" du Master de Biologie de l'UGA.
     

  • Audrey Le Gouëllec, Maître de Conférence des Universités et Praticien Hospitalier, est directrice adjointe de l'école doctorale "Ingenierie pour la Santé, la Cognition et l'Environnement" et réalise son enseignement à l'UFR de médecine et de Pharmacie sur le site santé de l'Université Grenoble Alpes. Elle participe à l'encadrement de l'équipe iGEM Grenoble depuis plusieurs années (Projet SnapLab 2017, Projet Phagyzer 2018, Projet NeuroDrop 2019, Projet PyoBuster 2020 et 2021).

  • Jean-Luc Lenormand est professeur à la faculté de pharmacie de l'UGA. Il enseigne de la PASS à la 5ème année du cursus de "Pharmacie, industrie - option biotechnologies". Il est responsable ou co-responsable d'unités d'enseignement en Licence (L2, L3 Biotechnologie pour la Santé ; L3 Professionnelle "Bioproduction et Bioprocédés") et en Master (M1 "Sciences du Management des Biotechnologies"). Il est responsable du Master M2 "Médicaments Biotechnologiques".
     

  • Max Maurin enseigne en 3eme année de médecine, Unité « Infectieux Dermatologie » du DFGSM3 (Diplôme de Formation Générale en Sciences Médicales 3ème année), ainsi qu'en Master 2 Ingénierie de la santé (ISM) dans l'UE « Lutte contre les agents infectieux » (parcours international).
     

  • Corinne Mercier est enseignante en Biologie (UFR de Chimie-Biologie et Département Licence Sciences et Technologies de l’Université Grenoble Alpes). Elle est responsable des unités d'enseignement “Cell Biology” en L1 parcours international et "Infectious Diseases" en 1ère et 2ème année du Master de Biologie de l’Université Grenoble Alpes (parcours respectifs :  "Molecular and Cellular Biology" et "Microbiology, Infectious Diseases and Immunology").
     

  • Ludovic Pelosi est membre du conseil de l’UFR de Chimie-Biologie et du Conseil de la Faculté des Sciences.
     

  • Dominique Schneider est membre du CNU en section 65. Il est responsable de l'unité d'enseignement "Interactions bactéries/hôtes" en L2 Biologie à l'UGA.
     


Valorisation
Plusieurs sociétés de biotechnologies sont issues du laboratoire et sont ou ont été hébergées dans nos locaux comme les sociétés Synthelis, APCure, Pelican Health et Epygone Therapeutics

 


 

  Contact

   Fabien.Pierrel [at] univ-grenoble-alpes.fr

      Tél : 04 76 63 74 39
      Adresse : Site Santé, Bât Jean Roget, Domaine de la Merci, 38000 La Tronche
 

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