Thomas
HINDRE

Enseignant-Chercheur
Equipe TrEE
[info]
Adresse : Bâtiment Jean Roget, Place du Commandant Nal, Domaine de la Merci
Bureau : 510-B

Je suis maître de conférences à l’UFR Chimie/biologie de l’Université Grenoble Alpes et travaille au sein de l’équipe TrEE du laboratoire TIMC. En tant que bactériologiste moléculaire, je combine des approches omiques et biochimiques avec des expériences d’évolution pour comprendre les mécanismes qui sous-tendent l’adaptabilité des populations bactériennes. Je travaille en particulier à la caractérisation des lignées de l'Expérience d'Évolution à Long Terme (LTEE) dans laquelle 12 populations indépendantes de la bactérie Escherichia coli sont propagées en conditions de laboratoire depuis 1988. En parallèle, je développe des expériences d’évolution pour étudier la plasticité des réseaux de régulation de l’expression génique et la dynamique évolutive des intégrons de résistance chez la bactérie Escherichia coli.

Mots-clés

Bactériologie, Évolution expérimentale, Régulation de l'expression génétique, Plasticité génomique

Thèses encadrées
Flora GAUDILLIERE : « Rôle des séquences d'insertion dans l'évolution des génomes bactériens »
Aurore AKOKA : « Étude de l’évolution des réseaux de régulation chez Escherichia coli au cours d’une expérience d’évolution au long terme »
Publications

Liste complète des publications

Publications sélectionnées

Insertion-sequence-mediated mutations both promote and constrain evolvability during a long-term experiment with bacteria.
Consuegra, J., Gaffé, J., Lenski, R. E., Hindré, T., Barrick, J. E., Tenaillon, O., & Schneider, D. (2021). Nature communications, 12(1), 980. https://doi.org/10.1038/s41467-021-21210-7
 
Reducing the ionizing radiation background does not significantly affect the evolution of Escherichia coli populations over 500 generations.
Lampe, N., Marin, P., Coulon, M., Micheau, P., Maigne, L., Sarramia, D., Piquemal, F., Incerti, S., Biron, D. G., Ghio, C., Sime-Ngando, T., Hindre, T., & Breton, V. (2019). Scientific reports, 9(1), 14891. https://doi.org/10.1038/s41598-019-51519-9
 
Bacterial genome architecture shapes global transcriptional regulation by DNA supercoiling.
El Houdaigui, B., Forquet, R., Hindré, T., Schneider, D., Nasser, W., Reverchon, S., & Meyer, S. (2019). Nucleic acids research, 47(11), 5648–5657. https://doi.org/10.1093/nar/gkz300
 
Plasticity of Promoter-Core Sequences Allows Bacteria to Compensate for the Loss of a Key Global Regulatory Gene.
Lamrabet, O., Plumbridge, J., Martin, M., Lenski, R. E., Schneider, D., & Hindré, T. (2019). Molecular biology and evolution, 36(6), 1121–1133. https://doi.org/10.1093/molbev/msz042
 
Epistasis and allele specificity in the emergence of a stable polymorphism in Escherichia coli.
Plucain, J., Hindré, T., Le Gac, M., Tenaillon, O., Cruveiller, S., Médigue, C., Leiby, N., Harcombe, W. R., Marx, C. J., Lenski, R. E., & Schneider, D. (2014). Science (New York, N.Y.), 343(6177), 1366–1369. https://doi.org/10.1126/science.1248688
 
New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution.
Hindré, T., Knibbe, C., Beslon, G., & Schneider, D. (2012). Nature reviews. Microbiology, 10(5), 352–365. https://doi.org/10.1038/nrmicro2750
Enseignements

Responsable pédagogique de la Licence Sciences de la vie (Université Grenoble Alpes)

Responsable UE "Bacteriology" dans le Master "Molecular and Cellular Biology" (Université Grenoble Alpes)

 

Projets

Rôle des changements de topologie de l'ADN dans l'adaptation bactérienne

Rôle des séquences d'insertion (IS) dans l'adaptation bactérienne

Dissémination et évolution des Intégrons de Résistance (ANR - DIVIN : 01/2021-09/2024)

Partenariats

Jeffrey Barrick, University of Texas at Austin

Sandra Da Re, UMR1092, Limoges

Sam Meyer, UMR5240, Lyon

Ivan Junier, UMR5525, Grenoble