TrEE

Le groupe Métabolomique Bactérienne rassemble cliniciens et chercheurs qui décryptent l’évolution du métabolisme des micro-organismes en lien avec leur environnement et conçoivent de manière rationnelle des microbes ingéniérés répondant à des problématiques de santé. Nous étudions les évolutions métaboliques à différentes échelles de temps et d’espèces en combinant des approches expérimentales et bio-informatiques. Nous utilisons des techniques de biologie moléculaire, de biochimie avec des approches classiques mais également sans à priori, et ce notamment par métabolomique non ciblée sur la plateforme GEMELI-GExiM

Responsable : Dr. Audrey le Gouellec

Le projet du groupe porte sur l’étude des mécanismes évolutifs d’adaptation des microorganismes aux antimicrobiens au sein de leur environnement, de leurs hôtes et de communautés microbiennes complexes, en alliant des compétences transversales (microbiologie fondamentale, environnementale, clinique et pharmacologie) et en développant des thématiques en rapport avec la résistance génétique et phénotypique des bactéries aux anti-microbiens (antibiotiques, antiseptiques, désinfectants, ou toute autre molécule antimicrobienne). Ces projets s'intègrent dans une démarche internationale, soutenue par l’Organisation Mondiale de la Santé, de lutte et de prévention des infections humaines liées aux bactéries multirésistantes aux antimicrobiens.

Responsables : Pr. Max Maurin & Pr. Corinne Mercier

Notre groupe étudie la plasticité adaptative bactérienne afin de comprendre les mécanismes moléculaires et évolutifs qui permettent aux bactéries de répondre aux fluctuations de leur environnement. Nous nous appuyons notamment sur des approches d'évolution expérimentale, associées à la biologie moléculaire, la génomique et la biologie des systèmes, pour décrypter les trajectoires adaptatives et leurs bases moléculaires. En particulier, notre groupe travaille sur la plus longe expérience d'évolution actuellement en cours (Long-Term Evolution Experiment, LTEE) initié en 1988 par le Pr R. Lenski. Nous hébergeons la seule copie européenne de l'archive fossile de cette expérience correspondant à l'histoire évolutive de 12 populations d'Escherichia coli  sur plus de 85 000 générations. À travers ces travaux, notre groupe contribue à l'avancement des connaissances fondamentales sur les mécanismes d'adaptation bactérienne, afin de mieux appréhender les processus impliqués dans l'émergence de pathogènes et de bactéries résistantes aux antimicrobiens.

Responsables : Dr. Thomas Hindré & Dr. Joël Gaffé

CompBio@TrEE est le groupe de biologie computationnelle de l'équipe TrEE. Nos recherches sont consacrées au développement de méthodes et d'outils pour analyser, interpréter et décrypter les données et processus biologiques, avec un accent particulier sur l'évolution des procaryotes et de leurs génomes.

Notre groupe est constitué d'experts en bioinformatique, génomique comparative et apprentissage automatique.

Nos travaux portent sur la compréhension de l'origine et de l'évolution des fonctions, de la conservation de l'organisation des génomes, ainsi que les mécanismes de régulation de l'expression des gènes. Pour y parvenir, nous développons des méthodes d'apprentissage automatique en haute dimension et des approches de génomique comparative. 

Pour en savoir plus, consultez le site web du groupe : https://tree-timc.github.io/compbio/. 

Responsables : Dr. Sophie Abby & Dr. Nelle Varoquaux

Le groupe de recherche en mycologie analyse les mécanismes associés à la résistance et à la tolérance aux antifongiques. Il s’attache également à contrer l’émergence des résistances en caractérisant de nouvelles molécules antifongiques présentant des mécanismes d’action innovants et à développer de nouvelles méthodes de détection de ces résistances. Ces recherches sont menées sur les espèces fongiques pathogènes de l’Homme et les antifongiques utilisés en médecine humaine (mycologie médicale), mais aussi sur les champignons phytopathogènes et les fongicides utilisés en agriculture (phyto-mycologie). Les études font appel à des technologies variées : microbiologie, cytométrie en flux, microscopie, métagénomique, génétique, épidémiologie, analyses statistiques multivariées... 

Responsables : Pr. Muriel Cornet & Pr. Delphine Aldebert

Responsables : Dr. Fabien Pierrel & Pr. Ludovic Pelosi