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Thématiques

Science des données et modélisation pour le vivant et la santé

L’équipe développe des approches fondamentales et de nouveaux modèles mathématiques et physiques pour l’analyse et l’interprétation des données biologiques, notamment issues des technologies à haut débit, essentielles pour la compréhension des mécanismes du vivant.  Elle construit des modèles décrivant l'émergence évolutive de différences génétiques entre population, l'architecture ou la dynamique de réseaux d'interactions biologiques, la régulation et l'organisation de la chromatine, le contrôle—qualité des données issues des plates-formes à haut débit, ainsi que le risque lié aux fausses découvertes. Les techniques utilisées reposent en particulier sur des méthodes bayésiennes, d'inférence logique ou sur des simulations numériques.

L‘équipe analyse aussi des données épidémiologiques et démographiques provenant d’enquêtes, de cohortes, du registre du cancer et d’autres bases de données publiques. Elle développe des méthodes de modélisation statistique en épidémiologie clinique ou populationnelle et en santé  publique, pour l'évaluation des risques pour les populations ou l'estimation du sur-diagnostic.

 

fleche  Les séminaires BCM

Voir la programmation 2019-2020 des séminaires étendus de l'équipe

 

Axes de recherche

  • Science des données

  • Biologie computationnelle 

  • Bioinformatique

  • Modélisation mathématique et physique

  • Données omiques

  • Biologie des systèmes

 

 

Programmes de recherche en cours

ARTICAH

ARTICAH
Responsable(s) : Magali Richard
Contrat : IRS - IDEX MIAI - [2020-]

ATAVISME

Responsable(s) : Nicolas Glade
Contrat : IDEX IRS - [2020-]
Inférence de réseaux Booléens à signes par programmation logique par contrainte pour modéliser l'homéostasie cellulaire et tester la théorie ataviste du cancer.

COMETH

COmputational METhods in Health
Responsable(s) : Magali Richard (Health Data Science coordinator)
Contrat : EIT Health - [2020]
COMETH is a program dedicated to big data integration in Health. This program targets the current critical need to evaluate novel computational methods and to apply them directly on real health datasets, daily faced by health data scientist and health professionals. As a proof of concept, our project will generate a benchmarking framework and apply it to the quantification of cell heterogeneity in cancer, though our design will lend itself to a variety of other applications. We will provide a digital platform containing statistical methods to be benchmarked and datasets developed by health data scientists, and a web application dedicated to the direct use of these methods on novel clinical datasets provided by health professionals. A 2-day course on the use of the web application will be organised for health professionals.
Page projet

Epigenetic Deregulation in Cancer

Epigenetic Deregulation in Cancer
Responsable(s) : Magali Richard
Contrat : Appel Emergence - Laboratoire TIMC - [2020-]

MeReTho

Computational and Mathematical Approaches to understand Cancer Cells Metabolism Reprogramming
Responsable(s) : Angélique Stéphanou
Contrat : IDEX ISP - [2020-]

MIM-REG

Modélisation Intégrative Multi-critères pour la prédiction de REGulations transcriptionnelles
Responsable(s) : Antoine Frenoy et Nicolas Thierry-Mieg, projet porté par François Parcy (UMR5168)
Contrat : Projet lauréat 80|Prime CNRS - [2020-]

TRAGICOMIC

Transfert de gènes, Innovation et Compétition dans les communautés microbiennes
Responsable(s) : Antoine Frenoy
Contrat : IRS (Initiatives de Recherche Stratégiques) - IDEX Université Grenoble-Alpes - Pôles MSTIC CBS  [2020-]

FLAGEL-OME

Aspects fondamentaux, génétiques et cliniques de l’infertilité masculine causée par des anomalies sévères des flagelles spermatiques.
Responsable(s) : Nicolas.Thierry-Mieg
Contrat : Projet ANR (ANR-19-CE17-0014) - [2019-2023]
Page projet

HADACA

HADACA
Responsable(s) : Magali Richard (en collaboration avec I. Guyon, S. Escalera et M. Krabbe)
Contrat : Campus project - EIT Health - Health Data Challenges - [2019-]

LuCaH

Lung Cancer Heterogeneity
Responsable(s) : Magali Richard
Contrat : IRS (Initiatives de Recherche Stratégiques) - IDEX Université Grenoble-Alpes - Pôles MSTIC CBS  [2019-]
Caractérisation de l’hétérogénéité intra-tumorale dans le contexte du cancer

ETAPE

Exposition prénatale au tabac et à la pollution atmosphérique et effets sur la santé respiratoire et le neurodévelopment de l’enfant: rôle de la méthylation placentaire.
Responsable(s) : Olivier François
Contrat : Projet ANR (ANR-18-CE36-0005) - [2018-2022]
Page projet

INOVOLINE

Responsable(s) : Yves Usson
Contrat : FUI 2017 - [2017-2021]
Automatisation des études in vivo pour le développement de nouveaux médicaments anti-cancer.
Dans le cadre du FUI-24, le consortium du projet INOVOLINE mené par la société INOVOTION a été sélectionné pour automatiser ses tests in vivo d’efficacité et de toxicité pour le Drug Discovery. Le consortium intègre l’expertise d’Alprobotic en robotique, le laboratoire TIMC (UGA) pour son expertise en imagerie du vivant, celle de l’INRIA pour l’Apprentissage Automatique, et les Hospices Civils de Lyon (HCL). INOVOLINE ouvre la voie pour la découverte accélérée de nouveaux traitements pour guérir le cancer, et améliorer la prise en charge des patients.

 

Programmes de recherche récents

EpiDevoMath

Génétique et génomique : relation génotype-phénotype, interactions génome-environnement, épigénétique
Responsable(s) : Daniel JOST
Contrat : AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-15-CE12-0006) - CNRS - [2016-2018]
Régulation épigénétique du développement : vers une modélisation mathématique prédictive du repliement tridimensionnel du génome et de la mémoire cellulaire.
Page projet

Subvention FRM Cytosquelette

Responsable(s) : Yves USSON
Contrat : INSERM - CNRS - [2016-2018]
Convention de reversement de l'INSERM au CNRS, subvention FRM projet DEI20151234416.

Subvention INSERM

Responsable(s) : Yves USSON
Contrat : INSERM - CNRS - [2016-2017]
Convention de subvention pour l'acquisition d'équipements pour la recherche en cancérologie.

Convention IKKI/CNRS

Responsable(s) : Angélique STEPHANOU
Contrat : ENS Lyon - CNRS - [2016-2018]

Contrat FRM

L'interactome de la matrice extracellulaire.
Responsable(s) : Nicolas THIERRY MIEG
Contrat : FONDATION POUR LA RECHERCHE MEDICALE - CNRS - [2015-2018]

Registre du Cancer Isère

Analyse des données du Registre du Cancer Isère.
Responsable(s) : Patrice FRANCOIS
Contrat : Association Registre du Cancer de l'Isère - Financement de thèse - Université Grenoble Alpes - [2015-2017]
Description et apport de différentes méthodes d'analyses spatiales de données d'incidence : applications aux données du registre des cancers de l'Isère.

Convention INSERM

Responsable(s) : Daniel JOST
Contrat : Convention INSERM - UNIVERSITE GRENOBLE ALPES - [2015-2018]

AfriCrop

Biodiversité, évolution, écologie et agronomie
Responsable(s) : Olivier FRANCOIS
Contrat : AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-13-BSV7-0017) - CNRS - [2014-2018]
Étude de l'histoire évolutive des plantes domestiquées africaines.
Page projet

MAS Flagella

Une nouvelle représentation du vivant
Responsable(s) : Nicolas THIERRY MIEG
Contrat : AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-14-CE15-0002) - CNRS - [2014-2019]
Génétique et physiopathologie des anomalies morphologiques du flagelle spermatique associé à une infertilité masculine.
Page projet

 

Membres
Introduction membres

L'équipe regroupe des doctorants, post-doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs et hospitalo-universitaires autour des sciences des données et de la modélisation pour le vivant et la santé:

Responsable(s)

Permanents

Autres

Doctorants

Anciens membres de l'equipe

Alumni


 Achard, Vérane
 Amblard, Cécile
 Ben Amor, Eddy
 Berro, Julien
 Blum, Michaël (DR CNRS actuellement en dispo chez OWKIN)
 Carvunis, Anne-Ruxandra (co-encadrement avec Dr. M. Vidal, DFCI, Boston)
 Caye, Kevin
 Csilléry, Katalin
 Corblin, Fabien
 Deist, Timo
 Dias Alves, Thomas
 Douzal, Ahlame
 Duforet-Frebourg, Nicolas
 Durand, Eric
 Elena, Adrien
 Emily, Mathieu
 Frambourg, Cédric
 Forest, Loic
 Frichot, Eric
 Hajj Hassan, Ali
 Houssein, Sahal
 Jay, Flora
 Karaouzene, Thomas
 Kulkarni, Om
 Linge, Yanis
 Luu, Keurcien
 Martiel, Jean-Louis
 Mobilia, Nicolas
 Robelin, David
 Rolland, Jéremy
 Sambourg, Laure
 Schoville, Sean
 Sjöstrand, Agnes

 

Thèses

Les thèses en cours dans notre équipe :

  • Johanne AURIAU : "Phénomique des anomalies du développement cardiaque et corrélations avec les données génomiques " (encadrée par Julien THEVENON (UMR 1209 IAB) , Pierre Simon JOUK )
  • Christian BALAMOU : "Modèle de prédition des lésions précancéreuses du cancer du col de l'utérus " (encadrée par Arnaud SEIGNEURIN )
  • Damian BIMBENET : "Mathematical and computational approaches to explore the reciprocal interaction between cell metabolism and radiation therapy in cancer " (encadrée par Gibin POWATHIL (Swansea University) , Angélique STEPHANOU )
  • Anne DANJOU : "Motifs et facteurs associés aux rémissions précoces des patients hospitalisés pour une pneumonie aiguë communautaire. " (encadrée par Sophie BLAISE (CHUGA) , José LABARERE )
  • Mélanie GAILLET : "Évaluation du service sanitaire : dispositif complexe de promotion de santé " (encadrée par Arnaud SEIGNEURIN , Bastien BOUSSAT )
  • Jedrzej KUBICA : "Analyse intégrative de données multi-omique pour la priorisation de variants génomiques " (encadrée par Nicolas THIERRY-MIEG )
  • Nicolas LOUVIAUX : "Développement d’un modèle computationnel basé sur l’étude bibliographique et sur les données expérimentales acquises au LIPhy ; Réalisation des simulations numériques et analyse et interprétation des résultats. " (encadrée par Angélique STEPHANOU )
  • Charlotte PLANTA : "Développement et validation d'un test standardisé de quantification de l'expression de la myéloperoxydase des polynucléaires neutrophiles du sang périphérique par cytométrie en flux pour un diagnostique d'exclusion de syndrome myélodysplasique " (encadrée par Arnaud SEIGNEURIN )
  • Aurélien TAUZIN : "Calcul Bayésien Approximatif pour l'étude quantitative de l'évolution des pathogènes bactériens " (encadrée par Olivier FRANCOIS , Antoine FRENOY )
Plateformes - Ressources
IMAGERIE CELLULAIRE ET TISSULAIRE

 

Plateforme d' Imagerie Cellulaire et Tissulaire

 

 

 

Spécificité :
Imagerie cellulaire dynamique et développements méthodologiques et technologiques pour la microscopie fonctionnelle du vivant et la mécanobiologie

Développement de traitement et analyse d’images pour la microscopie

Localisation :     
Rez-de-chaussée du pavillon Le Taillefer (CHUGA)

 IM1

Responsable scientifique :  Yves Usson

Liste des équipements :

  • Microscope Confocal à balayage laser Zeiss LSM710 avec chambre thermostatée et CO2
  • Microscope à Force Atomique (AFM) en phase liquide
  • Microscope Holographique Numérique Lyncéetech (avec épifluorescence)
  • Microscope de Bioluminescence
  • Station de Vidéo-microscopie (épi-fluoresnce) automatisée pour suivi de longue durée
  • Microscope de Tomographie Optique Cohérente (OCT)
ICT2   ICT4

Réservation des machines : resa-ictiss.imag.fr

Contact

Angelique.Stephanou@univ-grenoble-alpes.fr
Tél : 04 56 52 00 41
Adresse : Laboratoire TIMC, Pavillon TAILLEFER, Allée des Alpes, 38700 La Tronche - FRANCE