Science des données et modélisation pour le vivant et la santé
L’équipe développe des approches fondamentales et de nouveaux modèles mathématiques et physiques pour l’analyse et l’interprétation des données biologiques, notamment issues des technologies à haut débit, essentielles pour la compréhension des mécanismes du vivant. Elle construit des modèles décrivant l'émergence évolutive de différences génétiques entre population, l'architecture ou la dynamique de réseaux d'interactions biologiques, la régulation et l'organisation de la chromatine, le contrôle—qualité des données issues des plates-formes à haut débit, ainsi que le risque lié aux fausses découvertes. Les techniques utilisées reposent en particulier sur des méthodes bayésiennes, d'inférence logique ou sur des simulations numériques.
L‘équipe analyse aussi des données épidémiologiques et démographiques provenant d’enquêtes, de cohortes, du registre du cancer et d’autres bases de données publiques. Elle développe des méthodes de modélisation statistique en épidémiologie clinique ou populationnelle et en santé publique, pour l'évaluation des risques pour les populations ou l'estimation du sur-diagnostic.
Les séminaires BCM
Voir la programmation 2019-2020 des séminaires étendus de l'équipe
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Science des données
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Biologie computationnelle
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Bioinformatique
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Modélisation mathématique et physique
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Données omiques
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Biologie des systèmes
ARTICAH
ATAVISME
COMETH
COMETH is a program dedicated to big data integration in Health. This program targets the current critical need to evaluate novel computational methods and to apply them directly on real health datasets, daily faced by health data scientist and health professionals. As a proof of concept, our project will generate a benchmarking framework and apply it to the quantification of cell heterogeneity in cancer, though our design will lend itself to a variety of other applications. We will provide a digital platform containing statistical methods to be benchmarked and datasets developed by health data scientists, and a web application dedicated to the direct use of these methods on novel clinical datasets provided by health professionals. A 2-day course on the use of the web application will be organised for health professionals.
Epigenetic Deregulation in Cancer
MeReTho
MIM-REG
MSPEG
TRAGICOMIC
FLAGEL-OME
HADACA
LuCaH
Caractérisation de l’hétérogénéité intra-tumorale dans le contexte du cancer
ETAPE
INOVOLINE
Dans le cadre du FUI-24, le consortium du projet INOVOLINE mené par la société INOVOTION a été sélectionné pour automatiser ses tests in vivo d’efficacité et de toxicité pour le Drug Discovery. Le consortium intègre l’expertise d’Alprobotic en robotique, le laboratoire TIMC (UGA) pour son expertise en imagerie du vivant, celle de l’INRIA pour l’Apprentissage Automatique, et les Hospices Civils de Lyon (HCL). INOVOLINE ouvre la voie pour la découverte accélérée de nouveaux traitements pour guérir le cancer, et améliorer la prise en charge des patients.
EpiDevoMath
Subvention FRM Cytosquelette
Subvention INSERM
Convention IKKI/CNRS
Contrat FRM
Registre du Cancer Isère
Convention INSERM
AfriCrop
MAS Flagella
L'équipe regroupe des doctorants, post-doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs et hospitalo-universitaires autour des sciences des données et de la modélisation pour le vivant et la santé:
Responsable(s)
- Angélique Stéphanou (Chercheur)
Permanents
- Céline BEAUJEAN (IT-BIATSS)
- Bastien BOUSSAT (Enseignant-Chercheur)
- Paméla CAMPONOVA (IT-BIATSS)
- Alban CAPOROSSI (Chercheur)
- Arnaud CHAUVIERE (Enseignant-Chercheur)
- Ibrahim CHEDDADI (Enseignant-Chercheur)
- Eric FANCHON (Chercheur)
- Arnold FERTIN (IT-BIATSS)
- Olivier FRANCOIS (Enseignant-Chercheur)
- Patrice FRANCOIS (Enseignant-Chercheur)
- Nicolas GLADE (Enseignant-Chercheur)
- José LABARERE (Enseignant-Chercheur)
- Arnaud SEIGNEURIN (Enseignant-Chercheur)
- Angélique STEPHANOU (Chercheur)
- Nicolas THIERRY-MIEG (Chercheur)
Autres
- Sedjro Cresus ABOUTA (Stagiaire)
- Amina BELAID (Stagiaire)
- Tom COLLADANT (Stagiaire)
- Pierre Simon JOUK (Enseignant-Chercheur)
- Letizia LAMPERTI (Chercheur contractuel)
- Nathan SHOURICK (Chercheur)
Doctorants
- Johanne AURIAU (Doctorant)
- Christian BALAMOU (Doctorant)
- Damian BIMBENET (Doctorant)
- Anne DANJOU (Doctorant)
- Mélanie GAILLET (Doctorant)
- Jedrzej KUBICA (Doctorant)
- Nicolas LOUVIAUX (Doctorant)
- Charlotte PLANTA (Doctorant)
- Aurélien TAUZIN (Doctorant)
Anciens membres de l'equipe
Alumni
Achard, Vérane
Amblard, Cécile
Ben Amor, Eddy
Berro, Julien
Blum, Michaël (DR CNRS actuellement en dispo chez OWKIN)
Carvunis, Anne-Ruxandra (co-encadrement avec Dr. M. Vidal, DFCI, Boston)
Caye, Kevin
Csilléry, Katalin
Corblin, Fabien
Deist, Timo
Dias Alves, Thomas
Douzal, Ahlame
Duforet-Frebourg, Nicolas
Durand, Eric
Elena, Adrien
Emily, Mathieu
Frambourg, Cédric
Forest, Loic
Frichot, Eric
Hajj Hassan, Ali
Houssein, Sahal
Jay, Flora
Karaouzene, Thomas
Kulkarni, Om
Linge, Yanis
Luu, Keurcien
Martiel, Jean-Louis
Mobilia, Nicolas
Robelin, David
Rolland, Jéremy
Sambourg, Laure
Schoville, Sean
Sjöstrand, Agnes
Les thèses en cours dans notre équipe :
- Johanne AURIAU : "Phénomique des anomalies du développement cardiaque et corrélations avec les données génomiques " (encadrée par Julien THEVENON (UMR 1209 IAB) , Pierre Simon JOUK )
- Christian BALAMOU : "Modèle de prédition des lésions précancéreuses du cancer du col de l'utérus " (encadrée par Arnaud SEIGNEURIN )
- Damian BIMBENET : "Mathematical and computational approaches to explore the reciprocal interaction between cell metabolism and radiation therapy in cancer " (encadrée par Gibin POWATHIL (Swansea University) , Angélique STEPHANOU )
- Anne DANJOU : "Motifs et facteurs associés aux rémissions précoces des patients hospitalisés pour une pneumonie aiguë communautaire. " (encadrée par Sophie BLAISE (CHUGA) , José LABARERE )
- Mélanie GAILLET : "Évaluation du service sanitaire : dispositif complexe de promotion de santé " (encadrée par Arnaud SEIGNEURIN , Bastien BOUSSAT )
- Jedrzej KUBICA : "Analyse intégrative de données multi-omique pour la priorisation de variants génomiques " (encadrée par Nicolas THIERRY-MIEG )
- Nicolas LOUVIAUX : "Développement d’un modèle computationnel basé sur l’étude bibliographique et sur les données expérimentales acquises au LIPhy ; Réalisation des simulations numériques et analyse et interprétation des résultats. " (encadrée par Angélique STEPHANOU )
- Charlotte PLANTA : "Développement et validation d'un test standardisé de quantification de l'expression de la myéloperoxydase des polynucléaires neutrophiles du sang périphérique par cytométrie en flux pour un diagnostique d'exclusion de syndrome myélodysplasique " (encadrée par Arnaud SEIGNEURIN )
- Aurélien TAUZIN : "Calcul Bayésien Approximatif pour l'étude quantitative de l'évolution des pathogènes bactériens " (encadrée par Olivier FRANCOIS , Antoine FRENOY )
Plateforme d' Imagerie Cellulaire et Tissulaire
Spécificité : Développement de traitement et analyse d’images pour la microscopie Localisation : |
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Responsable scientifique : Yves Usson
Liste des équipements :
- Microscope Confocal à balayage laser Zeiss LSM710 avec chambre thermostatée et CO2
- Microscope à Force Atomique (AFM) en phase liquide
- Microscope Holographique Numérique Lyncéetech (avec épifluorescence)
- Microscope de Bioluminescence
- Station de Vidéo-microscopie (épi-fluoresnce) automatisée pour suivi de longue durée
- Microscope de Tomographie Optique Cohérente (OCT)
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Réservation des machines : resa-ictiss.imag.fr