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Scientific theme and general objectives

Data science and modeling for living systems and healthcare

The team develops fundamental approaches and new mathematical and physical models for the analysis and interpretation of biological data, particularly those derived from high-throughput technologies. It builds models describing the evolutionary emergence of genetic differences between populations, the architecture or dynamics of biological interaction networks, the regulation and organization of chromatin, the quality control of data issued from high-throughput platforms as well as the risk associated with false discovery. The developed methods are based in particular on Bayesian methods, logical inference or on numerical simulations.

The team also analyzes epidemiological and demographic data from surveys, cohorts, cancer registries and other public databases. It develops methods of statistical modeling in clinical or population epidemiology and in public health, for the assessment of risks to populations or the estimation of over-diagnosis.
 

 

 

Research topics
  • Data Science

  • Computational Biology

  • Bioinformatics

  • Physical and Mathematical Modeling

  • Omics Data

  • Systems Biology

 

Current research programs

ARTICAH

ARTICAH
Supervisor: Magali Richard
Contract: IRS - IDEX MIAI - [2020-]

ATAVISME

Supervisor: Nicolas Glade
Contract: IDEX IRS - [2020-]
Inférence de réseaux Booléens à signes par programmation logique par contrainte pour modéliser l'homéostasie cellulaire et tester la théorie ataviste du cancer.

COMETH

COmputational METhods in Health
Supervisor : Magali Richard (Health Data Science coordinator)
Contract: EIT Health - [2020]
COMETH is a program dedicated to big data integration in Health. This program targets the current critical need to evaluate novel computational methods and to apply them directly on real health datasets, daily faced by health data scientist and health professionals. As a proof of concept, our project will generate a benchmarking framework and apply it to the quantification of cell heterogeneity in cancer, though our design will lend itself to a variety of other applications. We will provide a digital platform containing statistical methods to be benchmarked and datasets developed by health data scientists, and a web application dedicated to the direct use of these methods on novel clinical datasets provided by health professionals. A 2-day course on the use of the web application will be organised for health professionals.

Epigenetic Deregulation in Cancer

Epigenetic Deregulation in Cancer
Supervisor: Magali Richard
Contract: Appel Emergence - Laboratoire TIMC - [2020-]

MeReTho

Computational and Mathematical Approaches to understand Cancer Cells Metabolism Reprogramming
Contract: IDEX ISP - [2020-]

MIM-REG

Modélisation Intégrative Multi-critères pour la prédiction de REGulations transcriptionnelles
Supervisors: Antoine Frenoy et Nicolas Thierry-Mieg, projet porté par François Parcy (UMR5168)
Contract: Projet lauréat 80|Prime CNRS - [2020-]

TRAGICOMIC

Transfert de gènes, Innovation et Compétition dans les communautés microbiennes
Supervisor: Antoine Frenoy
Contract: IRS (Initiatives de Recherche Stratégiques) - IDEX Université Grenoble-Alpes - Pôles MSTIC CBS  [2020-]

FLAGEL-OME

Aspects fondamentaux, génétiques et cliniques de l’infertilité masculine causée par des anomalies sévères des flagelles spermatiques.
Contract: Projet ANR (ANR-19-CE17-0014) - [2019-2023]

HADACA

HADACA
Supervisor: Magali Richard (en collaboration avec I. Guyon, S. Escalera et M. Krabbe)
Contract: Campus project - EIT Health - Health Data Challenges - [2019-]

LuCaH

Lung Cancer Heterogeneity
Supervisor: Magali Richard
Contract: IRS (Initiatives de Recherche Stratégiques) - IDEX Université Grenoble-Alpes - Pôles MSTIC CBS  [2019-]
Caractérisation de l’hétérogénéité intra-tumorale dans le contexte du cancer

ETAPE

Exposition prénatale au tabac et à la pollution atmosphérique et effets sur la santé respiratoire et le neurodévelopment de l’enfant: rôle de la méthylation placentaire.
Supervisor: Olivier François
Contract: Projet ANR (ANR-18-CE36-0005) - [2018-2022]

INOVOLINE

Supervisor: Yves Usson
Contract: FUI 2017 - [2017-2021]
Automatisation des études in vivo pour le développement de nouveaux médicaments anti-cancer.
Dans le cadre du FUI-24, le consortium du projet INOVOLINE mené par la société INOVOTION a été sélectionné pour automatiser ses tests in vivo d’efficacité et de toxicité pour le Drug Discovery. Le consortium intègre l’expertise d’Alprobotic en robotique, le laboratoire TIMC (UGA) pour son expertise en imagerie du vivant, celle de l’INRIA pour l’Apprentissage Automatique, et les Hospices Civils de Lyon (HCL). INOVOLINE ouvre la voie pour la découverte accélérée de nouveaux traitements pour guérir le cancer, et améliorer la prise en charge des patients.

 

Recent research programs

EpiDevoMath

Génétique et génomique : relation génotype-phénotype, interactions génome-environnement, épigénétique
Supervisor: Daniel JOST
Contract: AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-15-CE12-0006) - CNRS - [2016-2018]
Régulation épigénétique du développement : vers une modélisation mathématique prédictive du repliement tridimensionnel du génome et de la mémoire cellulaire.

Subvention FRM Cytosquelette

Supervisor: Yves USSON
Contract: INSERM - CNRS - [2016-2018]
Convention de reversement de l'INSERM au CNRS, subvention FRM projet DEI20151234416.

Subvention INSERM

Supervisor: Yves USSON
Contract: INSERM - CNRS - [2016-2017]
Convention de subvention pour l'acquisition d'équipements pour la recherche en cancérologie.

Contrat FRM

L'interactome de la matrice extracellulaire.
Contract: FONDATION POUR LA RECHERCHE MEDICALE - CNRS - [2015-2018]

Registre du Cancer Isère

Analyse des données du Registre du Cancer Isère.
Supervisor: Patrice FRANCOIS
Contract: Association Registre du Cancer de l'Isère - Financement de thèse - Université Grenoble Alpes - [2015-2017]
Description et apport de différentes méthodes d'analyses spatiales de données d'incidence : applications aux données du registre des cancers de l'Isère.

Convention INSERM

Supervisor: Daniel JOST
Contract: Convention INSERM - UNIVERSITE GRENOBLE ALPES - [2015-2018]

AfriCrop

Biodiversité, évolution, écologie et agronomie
Supervisor: Olivier FRANCOIS
Contract: AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-13-BSV7-0017) - CNRS - [2014-2018]
Étude de l'histoire évolutive des plantes domestiquées africaines.

MAS Flagella

Une nouvelle représentation du vivant
Contract: AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-14-CE15-0002) - CNRS - [2014-2019]
Génétique et physiopathologie des anomalies morphologiques du flagelle spermatique associé à une infertilité masculine.

 

Team members
Presentation of team members (introductory sentence)

The team brings together PhD students, post-docs, researchers, professors and medical doctors around the data science and modeling for living systems and healthcare:

Team coordinator(s)

Permanent members

Others members

PhD students

Associate Clinicians

 

Anciens membres de l'equipe

Alumni


 Achard, Vérane
 Amblard, Cécile
 Ben Amor, Eddy
 Berro, Julien
 Blum, Michaël (DR CNRS actuellement en dispo chez OWKIN)
 Carvunis, Anne-Ruxandra (co-encadrement avec Dr. M. Vidal, DFCI, Boston)
 Caye, Kevin
 Csilléry, Katalin
 Corblin, Fabien
 Deist, Timo
 Dias Alves, Thomas
 Douzal, Ahlame
 Duforet-Frebourg, Nicolas
 Durand, Eric
 Elena, Adrien
 Emily, Mathieu
 Frambourg, Cédric
 Forest, Loic
 Frichot, Eric
 Hajj Hassan, Ali
 Houssein, Sahal
 Jay, Flora
 Karaouzene, Thomas
 Kulkarni, Om
 Linge, Yanis
 Luu, Keurcien
 Martiel, Jean-Louis
 Mobilia, Nicolas
 Robelin, David
 Rolland, Jéremy
 Sambourg, Laure
 Schoville, Sean
 Sjöstrand, Agnes

Thesis

The PhD thesis in progress in our team:

  • Alexandre Bellier : "Les compétences relationnelles en consultation médicale : évaluation et développement pour la qualité des soins " (framed by José Labarere , CHAFFANJON Philippe )
  • Clémentine Decamps : "Hétérogénéité et stochasticité cellulaire dans les tissus sains et tumoraux. " (framed by JOST Daniel , Magali Richard )
  • Benjamin Fayolle : "Mesure de l'impact de paramètres environnementaux sur la biodiversité " (framed by Olivier Francois , GALIEZ Clovis )
  • Clément Gain : "Apprentissage profond pour évaluer la vulnérabilité génomique des populations face aux changements environnementaux. " (framed by Olivier Francois )
  • Pierre Jacquet : "Apport à la compréhension du métabolisme tumoral par la modélisation et validation quantitative à partir de l'imagerie 3D de sphéroïdes tumoraux issus de gliomes. " (framed by Angélique Stephanou )
  • Basile Jumentier : "Analyse de la médiation des effets d'expositions environnementales sur la santé de l'enfant. " (framed by Olivier Francois , LEPEULE Johanna )
  • Kapil Newar : "Modeling the information transfer between metabolism and epigenetics " (framed by Eric Fanchon , JOST Daniel )
  • Rémi Segretain : "Projet Atavisme - Inférence de réseau Booléens à signes par programmation logique par contrainte pour modéliser l'homéostasie cellulaire et tester la théorie ataviste du cancer " (framed by Nicolas Glade )
  • Amandine Septier : "Modélisation et analyse intégrative de la flagellogénèse " (framed by Nicolas Thierry-Mieg )
  • Nathan Shourick : "Modélisation mathématique et numérique du mouvement collectif dans les épithéliums " (framed by SARAMITO Pierre (LJK) , GRANER François (MSC Paris) , Ibrahim Cheddadi )
  • Kevin Spinicci : "Approches computationnelles et mathématiques pour la compréhension de la reprogrammation du métabolisme des cellules tumorales et conséquences pour l'optimisation thérapeutique " (framed by Angélique Stephanou , POWATHIL Gibin )
  • Alaa Tafech : "Développement de méthodes - sur sphéroïdes tumoraux in vitro - pour la mesure de paramètres bio-physiologiques associés à l'évolution tumorale et à des fins d'optimisation thérapeutique par une approche couplée de modélisation et d'imagerie " (framed by Angélique Stephanou )
Platforms - Resources
CELLULAR AND TISSUE IMAGING PLATFORM

 

Cellular and Tissue Imaging Platform

 

 

 

Specificity :  Dynamic cell imaging and methodological and technological developments (image processing and analysis) for functional microscopy of living organisms and mechanobiology

Localisation :     
Ground floor of the Taillefer Building (CHUGA)

IM1

Scientific Manager :  Yves Usson

  ICT3  
ICT2   ICT4

 

Contact

Address: Laboratoire TIMC, Pavillon TAILLEFER, Allée des Alpes, 38700 La Tronche - FRANCE