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Scientific theme and general objectives

Data science and modeling for living systems and healthcare

The team develops fundamental approaches and new mathematical and physical models for the analysis and interpretation of biological data, particularly those derived from high-throughput technologies. It builds models describing the evolutionary emergence of genetic differences between populations, the architecture or dynamics of biological interaction networks, the regulation and organization of chromatin, the quality control of data issued from high-throughput platforms as well as the risk associated with false discovery. The developed methods are based in particular on Bayesian methods, logical inference or on numerical simulations.

The team also analyzes epidemiological and demographic data from surveys, cohorts, cancer registries and other public databases. It develops methods of statistical modeling in clinical or population epidemiology and in public health, for the assessment of risks to populations or the estimation of over-diagnosis.
 

 

 

Research topics

  • Data Science

  • Computational Biology

  • Bioinformatics

  • Physical and Mathematical Modeling

  • Omics Data

  • Systems Biology

 

Current research programs

ATAVISME

Supervisor: Nicolas Glade
Contract: IDEX IRS - [2020-]
Inférence de réseaux Booléens à signes par programmation logique par contrainte pour modéliser l'homéostasie cellulaire et tester la théorie ataviste du cancer.

MeReTho

Computational and Mathematical Approaches to understand Cancer Cells Metabolism Reprogramming
Supervisor: Angélique Stéphanou
Contract: IDEX ISP - [2020-]

INOVOLINE

 
Supervisor: Yves Usson
Contract: FUI 2017 - [2017-2021]
Automatisation des études in vivo pour le développement de nouveaux médicaments anti-cancer.
Dans le cadre du FUI-24, le consortium du projet INOVOLINE mené par la société INOVOTION a été sélectionné pour automatiser ses tests in vivo d’efficacité et de toxicité pour le Drug Discovery. Le consortium intègre l’expertise d’Alprobotic en robotique, le laboratoire TIMC (UGA) pour son expertise en imagerie du vivant, celle de l’INRIA pour l’Apprentissage Automatique, et les Hospices Civils de Lyon (HCL). INOVOLINE ouvre la voie pour la découverte accélérée de nouveaux traitements pour guérir le cancer, et améliorer la prise en charge des patients.

 

Recent research programs
 

Subvention FRM Cytosquelette
 
Supervisor: Yves USSON
Contract: INSERM - CNRS - [2016-2018]
Convention de reversement de l'INSERM au CNRS, subvention FRM projet DEI20151234416.

Subvention INSERM

Supervisor: Yves USSON
Contract: INSERM - CNRS - [2016-2017]
Convention de subvention pour l'acquisition d'équipements pour la recherche en cancérologie.

Convention IKKI/CNRS

Supervisor: Angélique STEPHANOU
Contract: ENS Lyon - CNRS - [2016-2018]

Registre du Cancer Isère

 
Analyse des données du Registre du Cancer Isère.
Supervisor: Patrice FRANCOIS
Contract: Association Registre du Cancer de l'Isère - Financement de thèse - Université Grenoble Alpes - [2015-2017]
Description et apport de différentes méthodes d'analyses spatiales de données d'incidence : applications aux données du registre des cancers de l'Isère.

 

Team members
Presentation of team members (introductory sentence)

The team brings together PhD students, post-docs, researchers, professors and medical doctors around the data science and modeling for living systems and healthcare:

Team coordinator(s)

Permanent members

Others members

PhD students

Anciens membres de l'equipe

Alumni


 Achard, Vérane
 Amblard, Cécile
 Ben Amor, Eddy
 Berro, Julien
 Blum, Michaël (DR CNRS actuellement en dispo chez OWKIN)
 Carvunis, Anne-Ruxandra (co-encadrement avec Dr. M. Vidal, DFCI, Boston)
 Caye, Kevin
 Csilléry, Katalin
 Corblin, Fabien
 Deist, Timo
 Dias Alves, Thomas
 Douzal, Ahlame
 Duforet-Frebourg, Nicolas
 Durand, Eric
 Elena, Adrien
 Emily, Mathieu
 Frambourg, Cédric
 Forest, Loic
 Frichot, Eric
 Hajj Hassan, Ali
 Houssein, Sahal
 Jay, Flora
 Karaouzene, Thomas
 Kulkarni, Om
 Linge, Yanis
 Luu, Keurcien
 Martiel, Jean-Louis
 Mobilia, Nicolas
 Robelin, David
 Rolland, Jéremy
 Sambourg, Laure
 Schoville, Sean
 Sjöstrand, Agnes

Thesis

The PhD thesis in progress in our team:

  • Johanne AURIAU : "Phénomique des anomalies du développement cardiaque et corrélations avec les données génomiques " (framed by Julien THEVENON (UMR 1209 IAB) , Pierre Simon JOUK )
  • Christian BALAMOU : "Modèle de prédition des lésions précancéreuses du cancer du col de l'utérus " (framed by Arnaud SEIGNEURIN )
  • Damian BIMBENET : "Mathematical and computational approaches to explore the reciprocal interaction between cell metabolism and radiation therapy in cancer " (framed by Gibin POWATHIL (Swansea University) , Angélique STEPHANOU )
  • Anne DANJOU : "Motifs et facteurs associés aux rémissions précoces des patients hospitalisés pour une pneumonie aiguë communautaire. " (framed by Sophie BLAISE (CHUGA) , José LABARERE )
  • Mélanie GAILLET : "Évaluation du service sanitaire : dispositif complexe de promotion de santé " (framed by Arnaud SEIGNEURIN , Bastien BOUSSAT )
  • Jedrzej KUBICA : "Analyse intégrative de données multi-omique pour la priorisation de variants génomiques " (framed by Nicolas THIERRY-MIEG )
  • Nicolas LOUVIAUX : "Développement d’un modèle computationnel basé sur l’étude bibliographique et sur les données expérimentales acquises au LIPhy ; Réalisation des simulations numériques et analyse et interprétation des résultats. " (framed by Angélique STEPHANOU )
  • Charlotte PLANTA : "Développement et validation d'un test standardisé de quantification de l'expression de la myéloperoxydase des polynucléaires neutrophiles du sang périphérique par cytométrie en flux pour un diagnostique d'exclusion de syndrome myélodysplasique " (framed by Arnaud SEIGNEURIN )
  • Aurélien TAUZIN : "Calcul Bayésien Approximatif pour l'étude quantitative de l'évolution des pathogènes bactériens " (framed by Olivier FRANCOIS , Antoine FRENOY )
Platforms - Resources
CELLULAR AND TISSUE IMAGING PLATFORM

 

Cellular and Tissue Imaging Platform

 

 

 

Specificity :  Dynamic cell imaging and methodological and technological developments (image processing and analysis) for functional microscopy of living organisms and mechanobiology

Localisation :     
Ground floor of the Taillefer Building (CHUGA)

 IM1

Scientific Manager :  Yves Usson

  ICT3  
ICT2   ICT4

 

Contact

Angelique.Stephanou@univ-grenoble-alpes.fr
Phone: 04 56 52 00 41
Address: Laboratoire TIMC, Pavillon TAILLEFER, Allée des Alpes, 38700 La Tronche - FRANCE