Data science and modeling for living systems and healthcare
The team develops fundamental approaches and new mathematical and physical models for the analysis and interpretation of biological data, particularly those derived from high-throughput technologies. It builds models describing the evolutionary emergence of genetic differences between populations, the architecture or dynamics of biological interaction networks, the regulation and organization of chromatin, the quality control of data issued from high-throughput platforms as well as the risk associated with false discovery. The developed methods are based in particular on Bayesian methods, logical inference or on numerical simulations.
The team also analyzes epidemiological and demographic data from surveys, cohorts, cancer registries and other public databases. It develops methods of statistical modeling in clinical or population epidemiology and in public health, for the assessment of risks to populations or the estimation of over-diagnosis.
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Data Science
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Computational Biology
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Systems Biology
ATAVISME
MeReTho
INOVOLINE
Dans le cadre du FUI-24, le consortium du projet INOVOLINE mené par la société INOVOTION a été sélectionné pour automatiser ses tests in vivo d’efficacité et de toxicité pour le Drug Discovery. Le consortium intègre l’expertise d’Alprobotic en robotique, le laboratoire TIMC (UGA) pour son expertise en imagerie du vivant, celle de l’INRIA pour l’Apprentissage Automatique, et les Hospices Civils de Lyon (HCL). INOVOLINE ouvre la voie pour la découverte accélérée de nouveaux traitements pour guérir le cancer, et améliorer la prise en charge des patients.
Recent research programs
Subvention INSERM
Convention IKKI/CNRS
Registre du Cancer Isère
The team brings together PhD students, post-docs, researchers, professors and medical doctors around the data science and modeling for living systems and healthcare:
Team coordinator(s)
- Angélique Stéphanou (Chercheur)
Permanent members
- Céline BEAUJEAN (IT-BIATSS)
- Bastien BOUSSAT (Enseignant-Chercheur)
- Paméla CAMPONOVA (IT-BIATSS)
- Alban CAPOROSSI (Chercheur)
- Arnaud CHAUVIERE (Enseignant-Chercheur)
- Ibrahim CHEDDADI (Enseignant-Chercheur)
- Eric FANCHON (Chercheur)
- Arnold FERTIN (IT-BIATSS)
- Olivier FRANCOIS (Enseignant-Chercheur)
- Patrice FRANCOIS (Enseignant-Chercheur)
- Nicolas GLADE (Enseignant-Chercheur)
- José LABARERE (Enseignant-Chercheur)
- Arnaud SEIGNEURIN (Enseignant-Chercheur)
- Angélique STEPHANOU (Chercheur)
- Nicolas THIERRY-MIEG (Chercheur)
Others members
- Sedjro Cresus ABOUTA (Stagiaire)
- Amina BELAID (Stagiaire)
- Tom COLLADANT (Stagiaire)
- Pierre Simon JOUK (Enseignant-Chercheur)
- Letizia LAMPERTI (Chercheur contractuel)
- Nathan SHOURICK (Chercheur)
PhD students
- Johanne AURIAU (Doctorant)
- Christian BALAMOU (Doctorant)
- Damian BIMBENET (Doctorant)
- Anne DANJOU (Doctorant)
- Mélanie GAILLET (Doctorant)
- Jedrzej KUBICA (Doctorant)
- Nicolas LOUVIAUX (Doctorant)
- Charlotte PLANTA (Doctorant)
- Aurélien TAUZIN (Doctorant)
Anciens membres de l'equipe
Alumni
Achard, Vérane
Amblard, Cécile
Ben Amor, Eddy
Berro, Julien
Blum, Michaël (DR CNRS actuellement en dispo chez OWKIN)
Carvunis, Anne-Ruxandra (co-encadrement avec Dr. M. Vidal, DFCI, Boston)
Caye, Kevin
Csilléry, Katalin
Corblin, Fabien
Deist, Timo
Dias Alves, Thomas
Douzal, Ahlame
Duforet-Frebourg, Nicolas
Durand, Eric
Elena, Adrien
Emily, Mathieu
Frambourg, Cédric
Forest, Loic
Frichot, Eric
Hajj Hassan, Ali
Houssein, Sahal
Jay, Flora
Karaouzene, Thomas
Kulkarni, Om
Linge, Yanis
Luu, Keurcien
Martiel, Jean-Louis
Mobilia, Nicolas
Robelin, David
Rolland, Jéremy
Sambourg, Laure
Schoville, Sean
Sjöstrand, Agnes
The PhD thesis in progress in our team:
- Johanne AURIAU : "Phénomique des anomalies du développement cardiaque et corrélations avec les données génomiques " (framed by Julien THEVENON (UMR 1209 IAB) , Pierre Simon JOUK )
- Christian BALAMOU : "Modèle de prédition des lésions précancéreuses du cancer du col de l'utérus " (framed by Arnaud SEIGNEURIN )
- Damian BIMBENET : "Mathematical and computational approaches to explore the reciprocal interaction between cell metabolism and radiation therapy in cancer " (framed by Gibin POWATHIL (Swansea University) , Angélique STEPHANOU )
- Anne DANJOU : "Motifs et facteurs associés aux rémissions précoces des patients hospitalisés pour une pneumonie aiguë communautaire. " (framed by Sophie BLAISE (CHUGA) , José LABARERE )
- Mélanie GAILLET : "Évaluation du service sanitaire : dispositif complexe de promotion de santé " (framed by Arnaud SEIGNEURIN , Bastien BOUSSAT )
- Jedrzej KUBICA : "Analyse intégrative de données multi-omique pour la priorisation de variants génomiques " (framed by Nicolas THIERRY-MIEG )
- Nicolas LOUVIAUX : "Développement d’un modèle computationnel basé sur l’étude bibliographique et sur les données expérimentales acquises au LIPhy ; Réalisation des simulations numériques et analyse et interprétation des résultats. " (framed by Angélique STEPHANOU )
- Charlotte PLANTA : "Développement et validation d'un test standardisé de quantification de l'expression de la myéloperoxydase des polynucléaires neutrophiles du sang périphérique par cytométrie en flux pour un diagnostique d'exclusion de syndrome myélodysplasique " (framed by Arnaud SEIGNEURIN )
- Aurélien TAUZIN : "Calcul Bayésien Approximatif pour l'étude quantitative de l'évolution des pathogènes bactériens " (framed by Olivier FRANCOIS , Antoine FRENOY )
Cellular and Tissue Imaging Platform
Specificity : Dynamic cell imaging and methodological and technological developments (image processing and analysis) for functional microscopy of living organisms and mechanobiology Localisation : |
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Scientific Manager : Yves Usson
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