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Thématiques

Science des données et modélisation pour le vivant et la santé

L’équipe développe des approches fondamentales et de nouveaux modèles mathématiques et physiques pour l’analyse et l’interprétation des données biologiques, notamment issues des technologies à haut débit, essentielles pour la compréhension des mécanismes du vivant.  Elle construit des modèles décrivant l'émergence évolutive de différences génétiques entre population, l'architecture ou la dynamique de réseaux d'interactions biologiques, la régulation et l'organisation de la chromatine, le contrôle—qualité des données issues des plates-formes à haut débit, ainsi que le risque lié aux fausses découvertes. Les techniques utilisées reposent en particulier sur des méthodes bayésiennes, d'inférence logique ou sur des simulations numériques.

L‘équipe analyse aussi des données épidémiologiques et démographiques provenant d’enquêtes, de cohortes, du registre du cancer et d’autres bases de données publiques. Elle développe des méthodes de modélisation statistique en épidémiologie clinique ou populationnelle et en santé  publique, pour l'évaluation des risques pour les populations ou l'estimation du sur-diagnostic.

Axes de recherche

  • Science des données

  • Biologie computationnelle 

  • Bioinformatique

  • Modélisation mathématique et physique

  • Données omiques

  • Biologie des systèmes

 

Membres
Introduction membres

L'équipe regroupe des doctorants, post-doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs et hospitalo-universitaires autour des sciences des données et de la modélisation pour le vivant et la santé:

Responsable(s)

Permanents

Autres

Doctorants

Thèses

Les thèses en cours dans notre équipe :

  • Johanne AURIAU : "Phénomique des anomalies du développement cardiaque et corrélations avec les données génomiques " (encadrée par Julien THEVENON (UMR 1209 IAB) , Pierre Simon JOUK )
  • Christian BALAMOU : "Modèle de prédition des lésions précancéreuses du cancer du col de l'utérus " (encadrée par Arnaud SEIGNEURIN )
  • Damian BIMBENET : "Mathematical and computational approaches to explore the reciprocal interaction between cell metabolism and radiation therapy in cancer " (encadrée par Gibin POWATHIL (Swansea University) , Angélique STEPHANOU )
  • Anne DANJOU : "Motifs et facteurs associés aux rémissions précoces des patients hospitalisés pour une pneumonie aiguë communautaire. " (encadrée par Sophie BLAISE (CHUGA) , José LABARERE )
  • Mélanie GAILLET : "Évaluation du service sanitaire : dispositif complexe de promotion de santé " (encadrée par Arnaud SEIGNEURIN , Bastien BOUSSAT )
  • Jedrzej KUBICA : "Analyse intégrative de données multi-omique pour la priorisation de variants génomiques " (encadrée par Nicolas THIERRY-MIEG )
  • Nicolas LOUVIAUX : "Développement d’un modèle computationnel basé sur l’étude bibliographique et sur les données expérimentales acquises au LIPhy ; Réalisation des simulations numériques et analyse et interprétation des résultats. " (encadrée par Angélique STEPHANOU )
  • Charlotte PLANTA : "Développement et validation d'un test standardisé de quantification de l'expression de la myéloperoxydase des polynucléaires neutrophiles du sang périphérique par cytométrie en flux pour un diagnostique d'exclusion de syndrome myélodysplasique " (encadrée par Arnaud SEIGNEURIN )
  • Aurélien TAUZIN : "Calcul Bayésien Approximatif pour l'étude quantitative de l'évolution des pathogènes bactériens " (encadrée par Olivier FRANCOIS , Antoine FRENOY )
Plateformes - Ressources
IMAGERIE CELLULAIRE ET TISSULAIRE

 

Plateforme d' Imagerie Cellulaire et Tissulaire

 

 

 

Spécificité :
Imagerie cellulaire dynamique et développements méthodologiques et technologiques pour la microscopie fonctionnelle du vivant et la mécanobiologie

Développement de traitement et analyse d’images pour la microscopie

Localisation :     
Rez-de-chaussée du pavillon Le Taillefer (CHUGA)

 IM1

Responsable scientifique :  Yves Usson

Liste des équipements :

  • Microscope Confocal à balayage laser Zeiss LSM710 avec chambre thermostatée et CO2
  • Microscope à Force Atomique (AFM) en phase liquide
  • Microscope Holographique Numérique Lyncéetech (avec épifluorescence)
  • Microscope de Bioluminescence
  • Station de Vidéo-microscopie (épi-fluoresnce) automatisée pour suivi de longue durée
  • Microscope de Tomographie Optique Cohérente (OCT)
ICT2   ICT4

Réservation des machines : resa-ictiss.imag.fr

Contact

Angelique.Stephanou@univ-grenoble-alpes.fr
Tél : 04 76 14 37 96
Adresse : Laboratoire TIMC - Bâtiment CReSI, 6 chemin Saint Ferjus, 38700 La Tronche – France