Ma ligne de recherche consiste à poser les bases d’une ``ingénierie réaliste'' des génomes bactériens. Ce terme fait référence à François Jacob qui disait que ``La nature n'est pas un.e ingénieur.e, c'est un.e bricoleur.e'. Alors que la biologie de synthèse, conceptualisée par ce dernier avec Jacques Monod dans les années 1960, a concrètement émergé dans les années 2000, elle continue en effet à nécessiter le développement de nouveaux outils et concepts. En particulier, le terme ``ingénierie'' est souvent employé dans une démarche où chaque étape du protocole n'est ni totalement reproductible, ni totalement transposable à une autre situation a priori équivalente. Pour progresser dans ce sens, en plus du problème d'établir une terminologie commune et standardisée parmi les biologistes et bioinformaticiens, il me semble indispensable d'intégrer les propriétés évolutives des organismes afin d'apporter la vision dynamique nécessaire à la compréhension du monde du vivant. Dans cette perspective, mon objectif est de construire un environnement computationnel, ouvert à la communauté scientifique, combinant analyses comparatives de l'organisation fonctionnelle des génomes et modélisation multi-échelles de la structure physique des chromosomes.