Dans les secteurs de l'agriculture, de l'horticulture et de la viticulture, les champignons phytopathogènes ont un impact significatif sur les rendements. Afin de minimiser les dégâts causés par les maladies fongiques des plantes, le recours aux fongicides ne cesse de croître. Cependant, les agents phytopathogènes ont développé des résistances aux principales classes de fongicides (Fisher et al., 2018 ; Hawkins, 2024 ; Islam et al., 2024 ; Yin et al., 2023). Ces résistances menacent non seulement la sécurité alimentaire, mais aussi la santé humaine, notamment parce que certains genres de champignons peuvent infecter l'homme de manière opportuniste et développer une résistance aux antifongiques dans l'environnement par le biais d'une résistance croisée entre les fongicides agricoles et les antifongiques à usage humain (ATF) (Fraaije et al., 2020 ; Jeanvoine et al., 2017 ; Rivelli Zea & Toyotome, 2022 ; Rocchi et al., 2014 ; Snelders et al., 2012). Notamment Aspergillus fumigatus, largement présent dans l’environnement et agent causal de l’aspergillose pulmonaire, est la troisième cause d’infection fongique invasive en France (Bretagne et al., 2022). Les molécules d'ATF azolés sont chimiquement très similaires dans les applications cliniques et agricoles ; par conséquent, l'utilisation massive de fongicides dans l'environnement est l'une des voies par lesquelles A. fumigatus acquiert une résistance (Fraaije et al., 2020 ; Jeanvoine et al., 2017 ; Rivelli Zea & Toyotome, 2022 ; Rocchi et al., 2014 ; Snelders et al., 2012).

On a également constaté une augmentation du nombre de cas signalés d’aspergillose invasive causée par des espèces cryptiques d’Aspergillus spp. autres que fumigatus. Ces espèces peuvent être moins sensibles aux agents ATF que leurs homologues et constituent une menace croissante pour la santé publique (Gautier et al., 2016 ; Imbert et al., 2021). Leur répartition dans l'environnement et leur présence dans les champs agricoles n'ont pas encore été pleinement décrites.

La prévalence croissante de la résistance aux ATF chez les champignons pathogènes pour l'homme et/ou les plantes souligne la nécessité de disposer de méthodes rapides pour détecter cette résistance. Les techniques de diagnostic actuelles restent chronophages, ce qui rend nécessaire le recours à des approches plus rapides, capables de réduire la charge de travail du personnel de laboratoire et d'améliorer l'efficacité du diagnostic. Des études antérieures ont montré que la teneur en chitine de la paroi cellulaire fongique augmente chez les souches sensibles aux ATF exposées à des inhibiteurs de membrane ou de β-glucane, alors qu'elle reste stable chez les souches résistantes. En exploitant cette réponse compensatoire induite par le stress des ATF, l'équipe de recherche TrEE a mis au point un test de détection rapide de la résistance : SensiFONG (Wang et al., 2019).

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Cette thèse de doctorat s'inscrit dans le cadre du programme PhytoFONG, un projet collaboratif réunissant l'équipe de recherche universitaire TrEE (laboratoire TIMC, Université Grenoble Alpes, France), dont les activités de recherche portent sur la résistance à l'ATF chez les champignons pathogènes pour l'homme, et la société Conidia Coniphy (Quincieux, France), spécialisée dans les analyses microbiologiques, notamment la détection de la résistance aux fongicides chez les phytopathogènes. Ce projet de thèse avait deux objectifs qui s'appuyaient sur l'expertise complémentaire du laboratoire d'accueil et du partenaire industriel, abordant ainsi à la fois la santé végétale et la santé humaine dans un cadre « One Health ». D'une part, il visait à évaluer la prévalence de la résistance croisée aux fongicides azolés utilisés en médecine et en agriculture chez les espèces d'Aspergillus isolées dans des milieux agricoles à travers la France. D'autre part, il cherchait à adapter le test SensiFONG aux agents pathogènes des plantes et aux différents modes d'action des fongicides, établissant ainsi la preuve de concept du test PhytoFONG.