Sophie Abby, chercheuse en biologie évolutive à TIMC TrEE, reçoit la Médaille de Bronze du CNRS
Sophie ABBY talent CNRS 2023 !
Sophy ABBY s'est vu décerner la Médaille de Bronze du CNRS, qui récompense des "premiers travaux bien engagés et déjà féconds de chercheurs et chercheuses spécialistes de leur domaine."
Chercheuse en biologie évolutive, Sophie Abby étudie l'évolution des génomes de procaryotes (bactéries et archées) en utilisant des approches comparatives et la phylogénétique. Elles s'intéresse de près à l'évolution moléculaire et aux mécanismes permettant la diversification fonctionnelle.
Après des études combinant biologie et informatique, suivies d'une thèse préparée au laboratoire LBBE (Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive) à Lyon, Sophie Abby a travaillé à l'Institut Pasteur puis à l'Université de Vienne, avant d'être recrutée comme chargée de recherche au CNRS en 2017.
Sophie a alors rejoint le laboratoire TIMC, Unité Mixte de Recherche du CNRS, de l'Université Grenoble Alpes, VetAgroSup et Grenoble INP, et plus précisément l'équipe TrEE, Translational microbiology - Evolution - Engineering, pour étudier les mécanismes de diversification des procaryotes à différentes échelles : des enzymes aux complexes macromoléculaires, en passant par la dynamique des génomes en lien avec des adaptations environnementales. Elle conçoit en fonction de ses besoins de nouvelles méthodes informatiques dans le domaine de la génomique comparative et de la phylogénomique.
Mots clés : Évolution du microbiote ; Évolution moléculaire ; Phylogénétique ; Génomique comparative ; Métagénomique ; Bio-informatique
Félicitations à Sophie Abby pour ce parcours exceptionnel !
Liens recherches de Sophie Abby : TIMC | Personal website | Google scholar | Pubmed
Publications récentes :
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2023 – B Néron, R Denise, C Coluzzi, M Touchon, EPC Rocha, SS Abby. MacSyFinder v2: Improved modelling and search engine to identify molecular systems in genomes. Peer Community Journal 3, 2023. 10.24072/pcjournal.250
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2020 – Denise R, Abby SS*, Rocha EPC*. The Evolution of Protein Secretion Systems by Co-option and Tinkering of Cellular Machineries. Trends Microbiol. 2020 May;28(5):372-386. doi: 10.1016/j.tim.2020.01.005. Epub 2020 Feb 13.
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2020 – Abby SS, Kazemzadeh K, Vragniau C, Pelosi L, Pierrel F. Advances in bacterial pathways for the biosynthesis of ubiquinone. Biochim Biophys Acta Bioenerg. 2020 Jul 12;1861(11):148259. doi: 10.1016/j.bbabio.2020.148259.
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2019 – Denise R, Abby SS*, Rocha EPC*. Diversification of the type IV filament superfamily into machines for adhesion, protein secretion, DNA uptake, and motility. PLoS Biology, Public Library of Science, 2019, 17 (7), pp.e3000390. ;10.1371/journal.pbio.3000390 * co-senior authors
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2019 – Pelosi L*, Vo C*, Abby SS, Loiseau L, Rascalou B, Hajj Chehade M, Faivre B, Goussé M, Chenal C, Touati N, Binet L, Cornu D, Fyfe CD, Fontecave M, Barras F, Lombard M, Pierrel F. Ubiquinone Biosynthesis over the Entire O2 Range: Characterization of a Conserved O2−Independent Pathway. mBio, 2019, 10 (4);10.1128/mBio.01319−19 * these authors contributed equally