Image
Image
Image
Image
Image
Image
Image
Introduction équipe

D'après le généticien Theodozius Dobzhansky (1973), rien en biologie n'a de sens sans l'éclairage de l'évolution. Une version actuelle de cette citation pourrait ajouter l'éclairage de la génomique, la révolution du XXIe siècle dans le domaine biologique. Comment ne pas voir les progrès fantastiques et les implications de la génomique pour la médecine, pour l'étude des cancers, des maladies infectieuses, des maladies génétiques ou environnementales, des traitements associés, etc.

En cherchant à développer des modèles et des méthodes pour l'analyse des données génomiques (au sens large), l'équipe MAGE s'inscrit dans la transformation radicale des sciences biologiques et de leur fusion avec les sciences du calcul et les mathématiques. L'équipe est fortement interdisciplinaire, composée de biologistes et de mathématiciens maîtrisant les facettes multiples de la biologie computationnelle. Elle s'appuie sur quatre axes majeurs de recherche et de nouvelles thématiques computationnelles.

MAGe

 

Thématiques

Développer des modèles et des méthodes informatiques et statistiques pour l'analyse de méthylomes, métagénomes, transcriptomes, afin de répondre à des questions biologiques, écologiques et cliniques.

NOUS RECRUTONS. REJOIGNEZ-NOUS !

Si vous souhaitez connaître les possibilités de stage au sein de notre équipe, envoyez-nous votre CV et vos motivations.

Axes de recherche

- Analyse des dérégulations génétiques et épigénétiques dans les cancers : caractérisation de l’hétérogénéité inter et intra-tumorale (responsable : Magali Richard).

- Génomique et épigénétique environnementale : médiation des expositions environnementales, écologie moléculaire prédictive (responsable : Olivier François).

- Évolution des micro-organismes et métagénomique : compétition et innovation dans les communautés bactériennes (responsable : Antoine Frénoy).

- Bioinformatique des données NGS : exome-seq, rip-seq, CNVs, appel de génotypes et applications à l’infertilité masculine (responsable : Nicolas Thierry-Mieg).

 

Programmes de recherche
Programmes de recherche

- COMETH (EIT Health). Caractérisation de l’hétérogénéité intra-tumorale dans le cadre du cancer du pancréas.

- ETAPE (ANR-18-CE36-0005), SMOKE P3 (INCA-IRESP). Exposition prénatale au tabac et effets sur la santé de l’enfant : rôle de la méthylation placentaire.

- MIM-REG (CNRS)  Modélisation intégrative pour la prédiction de régulations transcriptionnelles. 

- TRAGICOMIC (IRS - UGA) Transfert de gènes, innovation et compétition dans les communautés microbiennes.

- FLAGEL-OME (ANR-19-CE17-0014) Aspects fondamentaux, génétiques et cliniques de l’infertilité masculine causée par des anomalies sévères des flagelles spermatiques.

Membres
Introduction membres

L'équipe regroupe les doctorants, post-doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs et hospitalo-universitaires suivants :

Responsable(s)

Permanents

Autres

Doctorants

Thèses

Les thèses en cours dans l'équipe :

  • Hugo BARBOT : "Statistical inférence of cellular heterogeneity using multi-omic prior biological knowledge " (encadrée par Magali RICHARD )
  • Nagi DEBBAH : "Comprendre les variants d'effet inconnu du gène RYR1 " (encadrée par Antoine FRENOY )
  • Quentin FERNANDEZ DE GRADO : "Etude de l'évolution du métabolisme bactérien par modélisation et simulation " (encadrée par Antoine FRENOY )
  • Florence PITTION : "Identification des mécanismes moléculaires par lesquels l’hétérogénéité tumorale influence l’issue de la maladie : analyse de médiation de grande dimension pour relier les causes et les conséquences " (encadrée par Magali RICHARD )
  • Aurélien TAUZIN : "Calcul Bayésien Approximatif pour l'étude quantitative de l'évolution des pathogènes bactériens " (encadrée par Antoine FRENOY , Olivier FRANCOIS )
  • Zakaria TOUGUI : "caractériser quantitativement le microbiome de l'intestin grêle humain, en couplant des données publiques avec celles obtenues à partir de méthodes d'échantillonnage non invasives nouvellement disponibles et développées par des collaborateurs (Synabi, Pellican Health). " (encadrée par Antoine FRENOY , Nelle VAROQUAUX , Philippe CINQUIN )
Collaborations & Partenariats
  • IAB

  • IRD Montpellier

  • Inserm

  • LECA

  • LJK

  • Inria

Enseignements-Formations

- Ensimag Grenoble INP

- Master MSIAM Biologie Computationnelle

Contact

Adresse : Bâtiment Taillefer, Rond-Point de la Croix de Vie, 38000 La Tronche