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Introduction équipe

D'après le généticien Theodozius Dobzhansky (1973), rien en biologie n'a de sens sans l'éclairage de l'évolution. Une version actuelle de cette citation pourrait ajouter l'éclairage de la génomique, la révolution du XXIe siècle dans le domaine biologique. Comment ne pas voir les progrès fantastiques et les implications de la génomique pour la médecine, pour l'étude des cancers, des maladies infectieuses, des maladies génétiques ou environnementales, des traitements associés, etc.

En cherchant à développer des modèles et des méthodes pour l'analyse des données génomiques (au sens large), l'équipe MAGE s'inscrit dans la transformation radicale des sciences biologiques et de leur fusion avec les sciences du calcul et les mathématiques. L'équipe est fortement interdisciplinaire, composée de biologistes et de mathématiciens maîtrisant les facettes multiples de la biologie computationnelle. Elle s'appuie sur quatre axes majeurs de recherche et de nouvelles thématiques computationnelles.

MAGe

 

Thématiques

Développer des modèles et des méthodes informatiques et statistiques pour l'analyse de méthylomes, métagénomes, transcriptomes, afin de répondre à des questions biologiques, écologiques et cliniques.

Axes de recherche

- Analyse des dérégulations génétiques et épigénétiques dans les cancers : caractérisation de l’hétérogénéité inter et intra-tumorale (responsable : Magali Richard).

- Génomique et épigénétique environnementale : médiation des expositions environnementales, écologie moléculaire prédictive (responsable : Olivier François).

- Évolution des micro-organismes et métagénomique : compétition et innovation dans les communautés bactériennes (responsable : Antoine Frénoy).

- Bioinformatique des données NGS : exome-seq, rip-seq, CNVs, appel de génotypes et applications à l’infertilité masculine (responsable : Nicolas Thierry-Mieg).

 

Programmes de recherche
Programmes de recherche

- COMETH (EIT Health). Caractérisation de l’hétérogénéité intra-tumorale dans le cadre du cancer du pancréas.

- ETAPE (ANR-18-CE36-0005), SMOKE P3 (INCA-IRESP). Exposition prénatale au tabac et effets sur la santé de l’enfant : rôle de la méthylation placentaire.

- MIM-REG (CNRS)  Modélisation intégrative pour la prédiction de régulations transcriptionnelles. 

- TRAGICOMIC (IRS - UGA) Transfert de gènes, innovation et compétition dans les communautés microbiennes.

- FLAGELOME (ANR-19-CE17-0014) Aspects fondamentaux, génétiques et cliniques de l’infertilité masculine causée par des anomalies sévères des flagelles spermatiques.

Membres
Introduction membres

L'équipe regroupe les doctorants, post-doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs et hospitalo-universitaires suivants :

Responsable(s)

Permanents

Autres

Doctorants

Thèses

Les thèses en cours dans l'équipe :

  • Nagi DEBBAH : "Comprendre les variants d'effet inconnu du gène RYR1 " (encadrée par Antoine FRENOY )
  • Clément GAIN : "Apprentissage profond pour évaluer la vulnérabilité génomique des populations face aux changements environnementaux. " (encadrée par Olivier FRANCOIS )
  • Florence PITTION : "Identification des mécanismes moléculaires par lesquels l’hétérogénéité tumorale influence l’issue de la maladie : analyse de médiation de grande dimension pour relier les causes et les conséquences " (encadrée par Magali RICHARD )
  • Amandine SEPTIER : "Modélisation et analyse intégrative de la flagellogénèse " (encadrée par Nicolas THIERRY-MIEG )
  • Laura TURCHI : "Modélisation intégrative multi-critères pour la prédiction de régulations transcriptionnelles " (encadrée par François PARCY (Laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale) , Nicolas THIERRY-MIEG , Antoine FRENOY )
Collaborations & Partenariats
  • IAB

  • IRD Montpellier

  • Inserm

  • LECA

  • LJK

  • Inria

Enseignements-Formations

- Ensimag Grenoble INP

- Master MSIAM Biologie Computationnelle

Contact

Adresse : Bâtiment Taillefer, Rond-Point de la Croix de Vie, 38000 La Tronche