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Publications

Publications significatives :

Brunet CD, Hennebique A, Peyroux J, Pelloux I, Caspar Y, Maurin M. Presence of Francisella tularensis subsp. holarctica DNA in the Aquatic Environment in France. Microorganisms. 2021, 28;9(7):1398. doi:10.3390/microorganisms9071398

Consuegra J, Gaffé J, Lenski RE, Hindré T, Barrick JE, Tenaillon O, Schneider D. Insertion-sequence-mediated mutations both promote and constrain evolvability during a long-term experiment with bacteria. Nat Commun. 2021 Feb 12;12(1):980

El Houdaigui B, Forquet R, Hindré T, Schneider D, Nasser W, Reverchon S, et al. Bacterial genome architecture shapes global transcriptional regulation by DNA supercoiling. Nucleic Acids Res. 2019 Jun 20;47(11):5648–57

Gaudillière F, Abby S, Hindré T, Junier I. Characterizing the ecological niche of insertion sequences within prokaryotic genomes 2026, Jun, In Press in ISME J; preprint available at https://doi.org/10.1101/2025.07.22.666184

Hennebique A, Peyroux J, Brunet C, Martin A, Henry T, Knezevic M, Santic M, Boisset S, Maurin M. Amoebae can promote the survival of Francisella species in the aquatic environment. Emerg Microbes Infect. 2021, 10(1):277-290. doi: 10.1080/22221751.2021.1885999

Hennebique A, Monge-Ruiz J, Roger-Margueritat M, Morand P, Terreaux-Masson C, Maurin M, Mercier C, Landelle C, Buelow E. The hospital sink drain biofilm resistome is independent of the corresponding microbiota, the environment and disinfection measures. Water Res. 2025 Sep 15;284:123902. doi: 10.1016/j.watres.2025.123902

Lampe N, Marin P, Coulon M, Micheau P, Maigne L, Sarramia D, Piquemal F, Incerti S, Biron DG, Ghio C, Sime-Ngando T, Hindré T, Breton V. Reducing the ionizing radiation background does not significantly affect the evolution of Escherichia coli populations over 500 generations. Sci Rep. 2019 Oct 17;9(1):14891

Lamrabet O, Plumbridge J, Martin M, Lenski RE, Schneider D, Hindré T. Plasticity of Promoter-Core Sequences Allows Bacteria to Compensate for the Loss of a Key Global Regulatory Gene. Mol Biol Evol. 2019 Jun 1;36(6):1121–33

Makwana N, Karad DD, Dheeraj, Yadav B, Saini C, Mercier C, Kharat AS. (2026) Global strategies to fight carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CRAB) infections. Review. Microb Pathog. 214:108412. doi: 10.1016/j.micpath.2026.108412

Yadav B, Karad DD, Kharat KR, Makwana N, Jaiswal A, Chawla R, Mani M, Boro HH, Joshi PR, Kamble DP, Mercier C, Kharat AS. (2025) Environmental and clinical impacts of antibiotics' sub-minimum inhibitory concentrations on the development of resistance in Acinetobacter baumannii. Review. Sci Total Environ. 979:179521. doi: 10.1016/j.scitotenv.2025.179521.

Yadav B, Jaiswal A, Kumar D, Karad DD, Joshi PR, Kamble DP, Mercier C, Kharat AS. (2024) Sub-minimum inhibitory concentrations in ceftazidime exacerbate the formation of Acinetobacter baumannii biofilms. Microb Pathog. doi: 10.1016/j.micpath.2024.107229.

Kharat AS, Makwana N, Nasser M, Gayen S, Yadav B, Kumar D, Veeraraghavan B, Mercier C. (2024) Dramatic increase in antimicrobial resistance in ESKAPE clinical isolates over the 2010-2020 decade in India. Review. Int J Antimicrob Agents. 63(5):107125. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2024.107125

Plucain J, Hindré T, Le Gac M, Tenaillon O, Cruveiller S, Médigue C, et al. Epistasis and allele specificity in the emergence of a stable polymorphism in Escherichia coli. Science. 2014 Mar 21;343(6177):1366–9.

Julie Muller, Cécile Garnaud, Semcheddine Cherrad, Sébastien Vacher, Muriel Cornet, Delphine Aldebert. A One Health perspective reconciling medical mycology and fungal phytopathology. One Health Mycology 3(1): 37-70 (2026).

Wei K, Arlotto M, Overhulse JM, Dinh TA, Zhou Y, Dupper NJ, Yang J, Kashemirov BA, Dawi H, Garnaud C, Bourgine G, Mietton F, Champleboux M, Larabi A, Hayat Y, Indorato RL, Noirclerc-Savoye M, Skoufias D, Cornet M, Rabut G, McKenna CE, Petosa C, Govin J. Humanized Candida and NanoBiT Assays Expedite Discovery of Bdf1 Bromodomain Inhibitors With Antifungal Potential. Adv Sci (Weinh). 2025 Mar;12(10):e2404260. doi: 10.1002/advs.202404260. Epub 2025 Jan 16. PMID: 39821709; PMCID: PMC11904993.

Aldebert D, Suarez B, Bettega F, Boucher E, Garnaud C, Cornet M. Easy-to-use imaging-cytometry assay to analyze chitin patterns in yeasts. J Mycol Med. 2024 Sep;34(3):101493. doi: 10.1016/j.mycmed.2024.101493. Epub 2024 Jun 21. PMID: 38945044.

Rasamoelina T, Maubon D, Andrianarison M, Ranaivo I, Sendrasoa F, Rakotozandrindrainy N, Rakotomalala FA, Bailly S, Rakotonirina B, Andriantsimahavandy A, Rabenja FR, Andrianarivelo MR, Cornet M, Ramarozatovo LS. Endemic Chromoblastomycosis Caused Predominantly by Fonsecaea nubica, Madagascar1. Emerg Infect Dis. 2020 Jun;26(6):1201-1211. doi: 10.3201/eid2606.191498. PMID: 32441639; PMCID: PMC7258462.

Rasamoelina T, Maubon D, Raharolahy O, Razanakoto H, Rakotozandrindrainy N, Rakotomalala FA, Bailly S, Sendrasoa F, Ranaivo I, Andrianarison M, Rakotonirina B, Andriantsimahavandy A, Rabenja FR, Andrianarivelo MR, Ramarozatovo LS, Cornet M. Sporotrichosis in the Highlands of Madagascar, 2013-20171. Emerg Infect Dis. 2019 Oct;25(10):1893-1902. doi: 10.3201/eid2510.190700. PMID: 31538565; PMCID: PMC6759251

mBio 2019, Cell Chem Biol 2019, JBC 2020, Mol Biol Evol 2023, PNAS 2024, Mol Cell 2024, ISME 2025, PNAS 2025, mSystems 2026

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